Bio :: Índice :: FASTA BIO :: Índice :: FASTA es una interfaz Perl para la indexación (múltiples) archivos FASTA.
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BIO :: Índice :: FASTA es una interfaz Perl para la indexación (múltiples) archivos FASTA. Bio :: Índice :: FASTA es una interfaz Perl para la indexación (múltiples) archivos FASTA.SYNOPSIS # Código completo para hacer un índice para varios archivos FASTA Use BIO :: Índice :: FASTA; usar estricto; My $ index_file_name = Shift; My $ INX = BIO :: Índice :: FASTA-> Nuevo ('-Filename' => $ index_file_name, '-write_flag' => 1); $ INX-> make_index (@argv); # Imprima en varios secuencias presentes en el índice # en formato FASTA Use BIO :: Índice :: FASTA; usar estricto; My $ index_file_name = Shift; My $ INX = BIO :: Índice :: FASTA-> Nuevo ('- archivo de archivo' => $ index_file_name); MY $ OUT = BIO :: SEQO-> Nuevo ('- formato' => 'FASTA', '- FH' => * stdout); foreach My $ ID (@argv) {My $ SEQ = $ INX-> Fetch ($ ID); # Devuelve bio :: seq objeto $ fuera-> escribir_seq ($ seq); } # o, alternativamente, mi ID $; My $ SEQ = $ INX-> get_seq_by_id ($ ID); # Identical a FetchInherits Funciones para administrar archivos DBM de BIO :: Índice :: abstract.pm, y proporciona el funcionamiento básico para la indexación de archivos FASTA, y recuperar la secuencia de ellos. Para obtener mejores resultados "Use Strict'.BIO :: Índice :: FastA admite la interfaz Bio :: DB :: Biososeqi, lo que significa que se puede usar como una base de datos de secuencia para otras partes de BIOPERTALLETALLAILS en la configuración y el código de ejemplo adicional está disponible en la biodatabases.pod file, scripts / índice / * pls y en bttutorial.pl.note que de forma predeterminada La clave para la secuencia será la primera cadena continua después del '>' en el encabezado FASTA. Si desea utilizar una subcadena específica del encabezado FASTA, debe usar el método ID_PARSER (). Requisitos: · Perl

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