Bio :: Índice :: Swissprot BIO :: Índice :: SwissPROT es una interfaz Perl para la indexación (múltiples) archivos .DAT SWISSPROT (es decir, formato SWISSPROT del archivo plano).
Descargar ahora

Bio :: Índice :: Swissprot Clasificación y resumen

Bio :: Índice :: Swissprot Etiquetas

Módulo perl interfaz perla Interfaz Perl formato de SwissProt

Bio :: Índice :: Swissprot Descripción

BIO :: Índice :: SWISSPROT es una interfaz Perl para la indexación (múltiples) archivos .DAT SWISSPROT (es decir, formato SWISSPROT del archivo plano). BIO :: Índice :: SwissProt es una interfaz Perl para la indexación (múltiples) archivos .DAT (es decir, Formato SWISSPROT del archivo plano) .synopsis # código completo para hacer un índice para varios archivos # SWISSPROT. Use BIO :: Índice :: SwissProt; usar estricto; My $ index_file_name = Shift; My $ INX = BIO :: Índice :: SwissProt-> Nuevo ('- archivo de archivo' => $ index_file_name, '-wlite_flag' => 'escribir'); $ INX-> make_index (@argv); # Imprima varias secuencias presentes en el índice # en formato GCG Use BIO :: Índice :: SwissProt; Usa Bio :: seqio; usar estricto; MY $ OUT = BIO :: SEQO-> Nuevo ('-Format' => 'GCG', '-fh' => * stdout); My $ index_file_name = Shift; My $ INX = BIO :: Índice :: SWISSPROT-> Nuevo ('- nombre de archivo' => $ index_file_name); foreach My $ ID (@argv) {My $ SEQ = $ INX-> Fetch ($ ID); # Devuelve bio :: seq objeto $ fuera-> escribir_seq ($ seq); } # alternativamente mi ($ id, $ ACC); MY $ SEQ1 = $ INX-> get_seq_by_id ($ ID); My $ SEQ2 = $ INX-> get_seq_by_acc ($ ACC); Hereda las funciones para administrar los archivos DBM de Bio :: Índice :: abstract.pm, y proporciona la función básica para la indexación de archivos SWISSPROT, y recuperar la secuencia de ellos. Sorprendidos pesadamente del sistema FASTA de James Gilbert. NOTA: Para obtener los mejores resultados "Use Strict'.details en la configuración y el código de ejemplo adicional está disponible en el archivo biodatabases.pod. Requisitos: · Perl

Bio :: Índice :: Swissprot Software relacionado