Bio :: Affymetrix :: CDF BIO :: AFFYMETRIX :: CDF es un módulo Perl para analizar archivos CDF Affymetrix.
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Bio :: Affymetrix :: CDF Descripción

Bio :: AffymeTrix :: CDF es un módulo PERL para analizar archivos CDF Affymetrix. Bio :: Affymetrix :: CDF es un módulo Perl para analizar archivos AFFYMETRIX CDF.Synopsisuse Bio :: AffyMeTrix :: CDF; # analiza el FILEMY $ CDF = NUEVO BIO :: AFFYMETRIX :: CDF ({"Probemode" => 0 }); $ cdf-> parse_from_file ("foo.cdf"); # Encuentre algunos datos divertidos sobre este tipo de chipPrint $ cdf-> filas (). ",". $ cdf-> cols (). "n"; imprimir $ cdf-> Versión (). "N"; # Imprima todos los nombres de la probeset en este chip typeForeach My $ I (teclas% {$ chp-> Profesets}) {imprimir $ chp-> findesets -> {$ i } -> Nombre (). "N"; } El sistema Affymetrix Microarray produce archivos en una variedad de formatos. Si esto no significa nada para usted, estos módulos probablemente no sean para usted :). Este módulo analiza los archivos CDF. Use este módulo si desea obtener información sobre el diseño de un AffymeTrix Genechip, o necesita el objeto para otro de los módulos en este paquete. Todos los módulos BIO :: Affymetrix analizan un archivo completamente en la memoria. Por lo tanto, necesita suficiente memoria para mantener estos objetos. Para algunas aplicaciones, lo que analiza como un arroyo puede ser más apropiado, con suerte, la fuente de estos módulos dará suficientes pistas para que esta sea una tarea fácil. Este módulo en particular toma una gran cantidad de memoria si la información de la sonda también se almacena (aproximadamente 150 MB). El uso de la memoria no es demasiado interior (aproximadamente 15 MB) si se omite la información de nivel de la sonda. Usted puede.Control en la configuración de ProbEmodo => 1 o ProbEmodo => 0 en el constructor. También puede usar estos módulos para escribir archivos CDF (usando el método write_to_filehandle). Ver compatibilidad para algunas advertencias importantes. Requisitos: · Perl

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