Bio :: Alignio :: bl2seq BIO :: Alignio :: BL2SEQ es un flujo de entrada / salida de secuencia BL2SEQ.
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Bio :: Alignio :: bl2seq Clasificación y resumen

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Módulo perl secuencia secuencia bl2seq flujo de entrada / salida bl2seq de entrada y salida

Bio :: Alignio :: bl2seq Descripción

BIO :: Alignio :: BL2SEQ es un flujo de entrada / salida de secuencia BL2SEQ. BIO :: Alignio :: BL2SEQ es un flujo de entrada / salida de secuencia BL2SEQ.SynopsisDo no use este módulo directamente. Úselo a través de la clase Bio :: Alignio, como en: Use Bio :: Alignio; $ in = bio :: Alignio-> Nuevo (-File => "inputfilename", '-Format' => 'bl2seq'); $ ALN = $ IN-> NEXT_ALN (); Este objeto puede crear objetos de alineación de secuencia BIO :: SIMPLEALIGN SECUENCIA (de 2 secuencias) de BL2SEQ Blast Reports.a una característica agradable de este módulo es que en combinación con StandalOneblast.pm o voladura remota - Se puede usar para alinear 2 secuencias y hacer un objeto SIMPLEALIGN de ​​ellos, que luego se pueden manipular utilizando cualquier método SIMPLEALIGN.PM, por ejemplo: #get 2 secuencias $ str = bio :: seqio-> nuevo (-file => ' t / amino.fa ',' -Format '=>' FASTA ',); My $ SEQ3 = $ str-> next_seq (); My $ SEQ4 = $ str-> next_seq (); # Ejecutar BL2SEQ en ellos $ Fábrica = Bio :: Herramientas :: StandalOneBlast-> Nuevo ('Programa' => 'BLASTP', 'Outfile' => 'bl2seq.out'); My $ BL2SEQ_REPORT = $ FACTORY-> BL2SEQ ($ SEQ3, $ SEQ4); # Use alignio.pm Para crear un objeto SIMPLEALIGN desde el informe BL2SEQ $ STR = BIO :: Alignio-> Nuevo (-File => 'BL2SEQ.OUT', '- Format' => 'BL2SEQ'); $ aln = $ str-> next_aln (); requisitos: · perl

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