Bio :: Alignio BIO :: Alignio es un manejador para formatos de alignio.
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Bio :: Alignio es un manejador para formatos de alignio. Bio :: Alignio es un manejador para los formatos de Alignio.Synopsis Use BIO :: Alignio; $ inputfilename = "testaln.fasta"; $ in = Bio :: Alignio-> Nuevo (-File => $ inputfilename, '-Format' => 'FASTA'); $ OUT = BIO :: Alignio-> Nuevo (-File => "> Out.aln.pfam", '-Format' => 'Pfam'); Nota: Nota: Cotizamos -Format para evitar que los perl más antiguos se quejen. mientras (MIS $ ALN = $ IN-> NEXT_ALN ()) {$ OUT-> Write_aln ($ ALN); } #er use bio :: alignio; $ inputfilename = "testaln.fasta"; $ in = bio :: Alignio-> NewFH (-File => $ inputfilename, '-Format' => 'FASTA'); $ OUT = BIO :: Alignio-> NewFH ('- formato' => 'PFAM'); # Convertidor de formato Fastapfam más corto del mundo: Imprimir $ OUT $ _ MIENTRAS; BIO :: Alignio es un módulo de controlador para los formatos en el conjunto de alignio (por ejemplo, Bio :: Alignio :: FASTA). Es la forma oficialmente sancionada de obtener en los objetos de alineación, que la mayoría de las personas deben usar. La alineación resultante es una biografía :: Alinear :: Objeto compatible con Aligni. Consulte Bio :: Align :: Aligni para obtener más información. La idea es que solicite un objeto de flujo para un formato en particular. Todos los objetos de la corriente tienen una noción de un archivo interno que se lee o escribió. Una instancia de objetos de alignio particular está configurada para entrada o salida. Un ejemplo específico de un objeto Stream es el Bio :: Alignio :: FASTA OBJETE. TIENE EL OBJETIVO DE STRIPTE tiene funciones $ Stream-> Siguiente_aln (); y $ Stream-> Write_aln ($ ALN); también $ Stream-> Tipo () # Devoluciones 'Entrada' o 'Outpar'As Un bono agregado, puede recuperar un archivo de archivo que está vinculado al objeto Alignio, lo que le permite usar las operaciones estándar e imprimir para leer y escribir objetos de secuencia: Use BIO :: Alignio; # Leer de la entrada estándar $ Stream = Bio :: Alignio-> NewFH (-Format => 'FASTA'); Mientras que ($ ALN =) {# Haz algo con $ ALN} e imprimir $ stream $ ALN; # Cuando la corriente está en la salida MODETHIS hace que el número más simple siempre reformular #! / usr / local / bin / perl $ format1 = Shift; $ format2 = Shift || DIAR "Uso: Reformat Format1 Format2 Salida"; Usa Bio :: Alignio; $ in = bio :: Alignio-> Newfh (-Format => $ format1); $ OUT = BIO :: Alignio-> NewFH (-Format => $ Format2); # Nota: Es posible que desee citar a -Format para mantener el # Perl más antiguo de quejarse. Imprimir $ OUT $ _ mientras <$ in>; Alignio.pm está modelado en el módulo seqio.pm y comparte la mayoría de las características de seqio.pm. Una diferencia significativa actualmente es que Alignio.pm generalmente maneja IO por solo una sola alineación a la vez (seqio.pm se encarga de IO para múltiples secuencias en un solo flujo). La razón principal de esto es que, mientras que el manejo simultáneo de múltiples secuencias es un común. Requisito, el manejo simultáneo de alineaciones múltiples no lo es. La única excepción actual es el formato "BL2SEQ" que analiza los resultados del programa Blast BL2SEQ y que puede producir varios pares de alineación. Este conjunto de pares de alineación se puede leer usando múltiples llamadas a NEXT_ALN. La capacidad de capacidad para IO para más de una alineación múltiple, que no sea para el formato BL2SEQ, (que puede ser de utilidad para ciertas aplicaciones, como CIERTE, como IO para bibliotecas PFAM). el futuro. Por esta razón, mantenemos el nombre "Next_aln ()" para la rutina de entrada de alineación, aunque en la mayoría de los casos solo se lee una alineación (o escrita) a la vez y el nombre "Read_aln ()" podría ser más apropiado. Requisitos: · Perl

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