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Bio :: DB :: SeqFeature :: Store :: BDB Descripción

BIO :: DB :: SEQFeature :: Store :: BDB puede recuperar y almacenar objetos de un BerkeleyDB. BIO :: DB :: SeqFeature :: Store :: BDB puede recuperar y almacenar objetos de un berkeleydb.bioperl es un paquete de herramientas de dominio público Perl para la biología molecular computacional. Todos los módulos se encuentran en el biológico / espacio de nombres, · Perl es para novatos y le da una interfaz funcional a las partes principales del paquete · SEC es para secuencias (proteínas y ADN). · BIO :: PREMATISEQ es una secuencia simple (Datos de secuencia + identificadores) · BIO :: SEQ es un PRIMERSEQ PLUS tiene una Bio :: Annotation :: Collection y un Bio :: SeqFeaturei Objetos adjuntos. · Bio :: SEC :: Richseq es todo lo anterior, más que tiene ranuras para información adicional específica para los archivos GenBank / EMBL / SWISSPROT. · BIO :: SEC :: Largeseq es para secuencias que son demasiado grandes para adaptarse a la memoria. · Seqio es para secuencias de lectura y escritura, es un módulo de extremo frontal para módulos de controladores separados que soportan los diferentes formatos de secuencia · SEQFeature · Inicio / STOP / STEMAND anotaciones de secuencias · Bio :: SeqFeature :: Genérico es Askall básico · Bio :: SeqFeature :: Similitud Una secuencia de similitud F EATURE · BIO :: SEQFeature :: FeaturePlair Una característica de secuencia que es pareable, como consulta / hit pairs · Searchio es para leer y escribir informes de alineación de pares como Blast o FastA · Búsqueda es donde se definen los objetos de alineación · BIO :: Búsqueda: : Resultado :: GenicResult es el objeto de resultado (una consulta de explosión es un objeto de resultado) · BIO :: Búsqueda :: HIT :: Generichit es el objeto de éxito (una consulta tendrá 0-> muchos éxitos en una base de datos) · BIO: : Buscar :: HSP :: Generichsp es el objeto de par de segmentos de alta puntuación que define la (s) alineación (s) de la consulta y golpee. · SIMPLEALIGN es para múltiples alineaciones de secuencia · Alignio es para leer y escribir múltiples formatos de alineación de secuencias · El ensamblaje proporciona el inicio de una infraestructura para conjuntos y ensamblajes :: Convertidores IO IO para ellos · DB es el espacio de nombres para todos los objetos de consulta de la base de datos · Bio :: DB :: GenBank / GenPept son dos módulos que consulta NCBI Entrez para secuencias · BIO :: DB :: SwissProt / EMBL Consulta Varios repositorios de EMBL y SWISSPROT para una secuencias · BIO :: DB :: GFF es el rápido, liviano de Lincoln Stein. Base de datos de características y secuencias, que es el backend a su sistema GBROWSE (consulte www.gmod.org) · bio :: db :: flat es una implementación rápida del sistema de indexación de archivos planos OBDA (lenguaje cruzado y multiplataforma compatible con O | b | Proyectos f ve a http://obda.open-bio.org). · BIO :: DB :: biofetch / dbfetch para OBDA, Web (HTTP) Acceso a las bases de datos remotas. · Bio :: DB :: InmemoryCache / FileCache (en caché local rápido de secuencias de DBS remoto para acelerar su acceso). · BIO :: DB :: Interfaz de Registro a la especificación OBDA para fuentes de datos remotas · BIO :: DB :: XEMBL ACCESO DE SAPE A TEMAS DE DATOS DE SECUENCIA · BIO :: DB :: Biblio para acceder a las bases de datos bibliográficas remotas. · Colección de anotación de anotación Objetos (comentarios, dblinks, referencias y pares de teclas / valor misceláneos) · La coordenada es un sistema para el mapeo entre diferentes sistemas de coordenadas, como el ADN a la proteína o entre los ensamblajes. · El índice es para archivos planos indexados localmente con BerkeleyDB · Herramientas contiene muchos parsers misceláneos y la función para diferentes necesidades de bioinformática · Pisturador de predicción de genes (Genscan, Mzef, Grial, Genemarcato) · Formato de anotación (GFF) · Simular el corte de enzimas de restricción con restrictionenzyme · Tablas de codón enumeradas y símbolos de secuencias válidas (CODONABLE, IUPAC) · Programa filogenético PRUEBA PERSONAL ( PAML, MOLFY, PHYLIP) · Representaciones de mapas genéticas y físicas del mapa · Los gráficos hacen una secuencia con sus características o un resultado de análisis de secuencia. · Estructura · Análisis y representan proteínas estructurales e Data · Treio es para leer y escribir formatos de árboles · Árbol es el espacio de nombres para todos los objetos de árbol asociados · bio :: árbol :: árbol es el objeto de árbol básico · bio :: árbol :: nodos son los nodos que conforman el Árbol · Bio :: Árbol :: Las estadísticas son para estadísticas de computación para un árbol · Bio :: Tree :: TreeFunctionsi es donde se implementan las funciones de árboles específicas (como is_moopophyletic y lca) · bio :: biblio es donde los datos bibliográficos y los objetos de acceso de la base de datos. Se mantienen · La variación representan secuencias con mutaciones y variaciones aplicadas, por lo que se puede comparar y representar versiones de tipo salvaje y mutación de una secuencia. · Raíz, objetos básicos para los internos de bioperlreementements: · Perl Requisitos: · Perl

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