Bio :: GREP Extensión de Perl para buscar en secuencias de ADN y proteínas
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Extensión de Perl para la búsqueda en secuencias de ADN y proteínas. BIO :: GREP es una extensión de Perl para la búsqueda en secuencias de ADN y proteínas. HSYNOPSIS Use BIO :: GREP; MY $ SBE = BIO :: GREP-> Nuevo ('VMATCH'); # Defina la ubicación de las matrices del sufijo $ sBE-> Configuración-> Datapath ('Datos'); MKDIR ($ sBE-> Configuración-> Datapath); # Ahora genera una matriz de sufijo. Tienes que hacer esto solo una vez. $ sbe-> generate_database ({file => 'ath1.cdna', description => 'agi transcripts',}); # Buscar en este sufijo Array $ SBE-> Configuración-> Base de datos ('ATH1.CDNA'); # Buscar el complemento inverso y permitir 2 desajustes $ sbe-> configuraciones-> consulta ('UGAACAGAAAG'); $ sbe-> configuraciones-> reverso_complement (1); $ sbe-> configuraciones-> desajustes (2); # O puede usar el archivo FASTA con las consultas # $ sbe-> configuraciones-> Query_File ('Oligos.Fasta'); # $ sbE-> búsqueda (); # Alternativamente, puede especificar la configuración en la llamada de búsqueda. # Esto también restablece todo, excepto los caminos y la base de datos # (porque es probable que no cambien cuando la búsqueda se llama # varias veces) $ sbE-> Buscar ({QUERY => 'AGAGCCCT', Reverse_complement => 1, desajustes => 1,}); mis @ids; # ¡Salga de algunas informaciones! Mientras (MIS $ res = $ sbe-> next_res) {imprimir $ res-> secuencia-> id. " "Imprima $ res-> alinement_string ()". "; Push @ids, $ Res-> secuence_id;} # Obtenga las secuencias de genes de todas las coincidencias como Bio :: Secio Objeto. # (para generar un archivo FASTA, por ejemplo) My $ SEQO = $ SBE-> GET_SIENDES (@ids ); BIO-GREP es una colección de módulos PERL para la búsqueda en secuencias de ADN y proteínas. Es compatible con diferentes extremos de back-fijo, lo más importante es que algunas (mejoradas) sufijos son las implementaciones. Actualmente, no hay una herramienta de matriz de sufijo que funcione en todos los escenarios ( Por ejemplo, el genoma entero, la proteína y los datos de ARN). BIO :: GREP proporciona una API común a las herramientas más populares. De esta manera, puede cambiar o combinar herramientas fácilmente. Requisitos: · Perl

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