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Bio :: Gráficos :: Panel es un módulo Perl para generar imágenes de GD de Bio :: SEC Objetos. BIO :: Gráficos :: Panel es un módulo PERL para generar imágenes de GD de Bio :: SEC objetos.Synopsis # Este script analiza un archivo GenBank o EMBL llamado en la línea de comandos # y produce una representación de PNG. Llámalo así: # render.pl my_file.embl | Mostrar - usar estricto; Usa Bio :: Gráficos; Usa Bio :: seqio; My $ File = Shift o Die "proporciona un archivo de secuencia como argumento"; My $ IO = Bio :: seqio-> nuevo (-file => $ file) o die "no se pudo crear bio :: seqio"; My $ SEQ = $ IO-> NEXT_SEQ o DIE "No se pudo encontrar una secuencia en el archivo"; mis @features = $ seq-> all_seqfeatures; # Ordenar características por sus etiquetas principales Mis% Sorded_Features; Por mi $ F (@features) {My $ TAG = $ F-> primit_tag; Push @ {$ Sorted_Features {$ TAG}}, $ F; } My $ panel = bio :: gráficos :: panel-> nuevo (-length => $ ssq-> longitud, -key_style => 'entre', -width => 800, -pad_left => 10, -pad_right => 10,); $ panel-> add_track (arrow => bio :: seqfeature :: genic-> nuevo (-start => 1, -end => $ ssq-> longitud), -bump => 0, -double => 1, - Tick ​​=> 2); $ panel-> add_track (genérico => bio :: seqfeature :: genic-> nuevo (-start => 1, -end => $ seq-> longitud), -glyph => 'genérico', -bgcolor => ' azul ', -label => 1,); # General Case My @Colors = QW (Cian Orange Blue Purple Green Chartreuse Magenta Amarillo Aqua); My $ idx = 0; Para mi etiqueta $ (clasificar las teclas% clasificadas_features) {mis características de $ = $ sorted_features {$ tag}; $ panel-> add_track ($ características, -glyph => 'genérico', -bgcolor => $ colores , -fgcolor => 'negro', -font2color => 'rojo', -key = > "$ {etiqueta} s", -bump => +1, -height => 8, -label => 1, -description => 1,); } Imprimir $ Panel-> PNG; $ panel-> terminado; Salida 0; The Bio :: Graphics :: Panel Class proporciona servicios de dibujo y formato para cualquier objeto que implemente la interfaz BIO :: SEQFEATREUREI, incluido ACE :: Secuencia :: Función y DAS :: Segmento :: Funciones. Puede usarse para dibujar anotaciones de secuencia, mapas físicos (contigios), o cualquier otro tipo de mapa en el que se debe establecer un conjunto de rangos discretos en la línea numérica. El módulo admite un estilo de dibujo en el que cada tipo de característica Ocupa una "pista" discreta que abarca el ancho de la pantalla. Cada pista tendrá su propio "glifo" distintivo, una representación gráfica configurable de la función. El módulo también admite un estilo más flexible en el que varios tipos de características diferentes y sus glifos asociados pueden ocupar la misma pista. La elección del glifo está bajo control de tiempo de ejecución. El zoom primario (por ejemplo, cambiando el tipo de glifo dependiendo de la densidad de las características) es compatible con un sistema de devolución de llamada para las variables de configuración. El módulo tiene soporte incorporado para BIO :: DAS StylesSeetsHEEs, y la configuración de Stylesheet motivada se puede mezclar con zoom semántico, si lo desea, puede agregar una llave a la imagen generada utilizando cualquiera de los dos estilos clave. Un estilo coloca los títulos clave en la parte superior de cada pista. El otro estilo genera una clave gráfica en la parte inferior de la imagen. Nota que este módulo depende de GD. La salida SVG opcional depende de GD :: SVG y SVG. Requisitos: · Requisitos de Perl: · Perl

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