Bio :: Gráficos Generar imágenes de GD de Bio :: SEC Objetos
Descargar ahora

Bio :: Gráficos Clasificación y resumen

Bio :: Gráficos Etiquetas

Módulo perl perla imágenes G dif Imágenes de GD

Bio :: Gráficos Descripción

Generar imágenes GD de Bio :: SEC Objetos BIO :: Graphics es un módulo PERL para generar imágenes de GD de Bio :: SEC objetos.Synopsis # Este script genera una imagen PNG de una región de 10K que contiene un conjunto # de características rojas y un conjunto de características azules. Llámalo así: # Red_and_blue.pl> redblue.png # ahora puede ver la imagen con su aplicación de imagen favorita # Este script analiza un archivo GenBank o EMBL llamado en la línea de comandos # y produce una representación de PNG. Llámalo así: # render.pl my_file.embl | Mostrar - usar estricto; Usa Bio :: Gráficos; Usa Bio :: seqio; My $ File = Shift o Die "proporciona un archivo de secuencia como argumento"; My $ IO = Bio :: seqio-> nuevo (-file => $ file) o die "no se pudo crear bio :: seqio"; My $ SEQ = $ IO-> NEXT_SEQ o DIE "No se pudo encontrar una secuencia en el archivo"; mis @features = $ seq-> all_seqfeatures; # Ordenar características por sus etiquetas principales Mis% Sorded_Features; Por mi $ F (@features) {My $ TAG = $ F-> primit_tag; Push @ {$ Sorted_Features {$ TAG}}, $ F; } My $ wholeseq = bio :: seqfeature :: genric-> nuevo (-start => 1, -end => $ seq-> longitud); My $ panel = bio :: gráficos :: panel-> nuevo (-length => $ ssq-> longitud, -key_style => 'entre', -width => 800, -pad_left => 10, -pad_right => 10 ,); $ Panel-> Add_Track ($ Wholeseq, -glyph => 'flecha', -bump => 0, -Double => 1, -Tick => 2); $ Panel-> Add_Track ($ Wholeseq, -glyph => 'genérico', -bgcolor => 'Blue', -Label => 1,); # General Case My @Colors = QW (Cian Orange Blue Purple Green Chartreuse Magenta Amarillo Aqua); My $ idx = 0; Para mi etiqueta $ (clasificar las teclas% clasificadas_features) {mis características de $ = $ sorted_features {$ tag}; $ panel-> add_track ($ características, -glyph => 'genérico', -bgcolor => $ colores , -fgcolor => 'negro', -font2color => 'rojo', -key = > "$ {etiqueta} s", -bump => +1, -height => 8, -label => 1, -description => 1,); } Imprimir $ Panel-> PNG; Salida 0; Requisitos: · Perl

Bio :: Gráficos Software relacionado