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  • Rating:
  • Licencia:
  • Perl Artistic License
  • Precio:
  • FREE
  • Nombre del editor:
  • Martin Senger
  • Sitio web del editor:
  • http://search.cpan.org/~birney/bioperl-run-1.4/Bio/Tools/Run/Analysis.pm

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BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: El análisis es un módulo PERL que representa cualquier herramienta de análisis (remota o local). Bio :: Herramientas :: Ejecutar :: El análisis es un módulo PERL que representa cualquier herramienta de análisis (remota o local). Sessynopsis # ejecute el análisis 'seqret' con una ubicación predeterminada y un método de acceso predeterminado (lo que significa usar un servicio web en EBI ) Use BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis; Imprimir NUEVA BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis (-Name => 'Editar :: seqret') -> wait_for ({secuence_direct_data => 'tatatacgtatacga', osformat => 'embl'}) -> Resultado ('Outseq '); # Ejecutar un trabajo más largo sin esperar a su finalización Use BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis; MY $ JOB = NEW BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis (-NAME => 'Editar :: seqret') -> ejecutar ({secuence_direct_data => 'tatatacgtatacga', osformat => 'embl'}); # ... y después de un tiempo $ trabajo-> resultado ('Outseq'); # Obtenga todos los resultados en la misma invocación (como número de referencia de hash con nombres de resultados como llaves): permita que el módulo decida qué # resultados son binarios (imágenes en estos ejemplos) y guardan esos # en el archivo (o archivos); También muestra cómo decir que el módulo # debe leer los datos de entrada de un archivo local Primero Use BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis; My $ ResultS = New Bio :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis (-NAME => 'alignment_multiple :: prettyplot') -> wait_for ({msf_direct_data => '@ / home / testdata / my.seq'}) -> Resultados ('?'); Usa datos :: Dumper; Imprimir Dumper ($ resultados); # Obtenga nombres, tipos de todas las entradas y resultados, # Obtenga brevedad y detalle (en XML) Descripción del servicio Use BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis; My $ Service = New Bio :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis (-NAME => 'Editar :: seqret'); My $ hash1 = $ Service-> input_spec; My $ hash2 = $ Service-> ResultSpec; My $ hash3 = $ Service-> Analysis_Spec; My $ XML = $ Service-> Describa; # Obtener estado actual del trabajo Use BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis; Imprimir NUEVA BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis (-NAME => 'Editar :: seqret') -> Ejecutar ({# ... Datos de entrada ...}) -> Estado; # Ejecute un trabajo e imprima su ID de trabajo, mantenga el trabajo Destruimiento Use BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis; MY $ JOB = NEW BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis (-NAME => 'Editar :: seqret', -destroy_on_exit => 0) -> Ejecutar ({secuence_direct_data => '@ / home / testdata / mzef. seq '}); Imprimir $ trabajo-> ID. "norte"; # ... Imprime (por ejemplo): # Editar :: SEQRET / C8EF56: EF535489AC: -7FF4 # ... En otro momento, en otro planeta, puede decir Usar Bio :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis; MY $ JOB = NUEVO BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis :: TRABAJO (-NAME => 'Editar :: seqret', -id => 'Editar :: SEQRET / C8EF56: EF535489AC: -7FFF4'); Únase a la impresión ("n", $ trabajo-> estado, 'terminado:'. $ trabajo-> finalizado (1), # (1) significa 'formateado' 'tiempo transcurrido:'. $ trabajo-> transcurrido, $ trabajo- > Último_Event, $ trabajo-> resultado ('Outseq')); # ... o puede lograr el mismo módulo de mantenimiento # BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis :: Trabajo de uso invisible BIO :: Herramientas :: Ejecutar: Análisis; MY $ JOB = NUEVO BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Análisis (-NAME => 'Editar :: Seqret') -> Create_job ('Editar :: Seqret / C8EF56: EF535489AC: -7FFF4'); Únase a la impresión ("n", $ trabajo-> estado, # ...); # ... y más tarde puedes liberar este trabajo de trabajo $ trabajo-> eliminar; # # --- ver descripción para usar el generador 'applume.pl': # Requisitos: · Perl


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