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BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: PISAPLICACIÓN :: FASTA es una clase BIOPERL para la búsqueda de bases de datos de secuencia. BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: PISAPLICACIÓN :: FASTA es una clase BIOPERL para la búsqueda de la base de datos de secuencia. Parámenes: FASTA (excl) la consulta del programa FASTA (SECUENCIA) TUBO DE FILO DE SECUENCIA: SEQFILE SEQTYPE (excl) es un ADN o proteína SECUENCIA (-N) protein_db (excl) la base de datos de la proteína Nucleotid_DB (excl) la base de datos de la base de datos de nucleótidos (entero) Secuencias de biblioteca largas en bloques (-N) KTUP (INTEGER) KTUP: sensibilidad y velocidad de la búsqueda (proteína: 2, ADN: 6) Optcut (entero) Optcut: El umbral para la optimización. (-c) Penalización de gapinit (entero) para la iniciación de la brecha (-12 de forma predeterminada para FASTA con proteínas, -16 para la penalización de ADN) (-F) gapexxt (entero) Pena para la extinción de brechas (-2 de forma predeterminada para FASTA con proteínas, - 4 para ADN) (-g) High_Expecect (flotante) Umbral de valor de expectativa máximo para mostrar puntajes y alineaciones (-e) Baja_expecto (flotante) Umbral de valor de expectativa mínimo para mostrar puntajes y alineaciones (-f) Nucleotid_Match (entero) Recompensa por un nucleótido Match (-R) nucleotid_mismatch (entero) Penalización para una matriz de núcleo de nucleótidos (-R) Matriz (exclusión) Matriz de puntuación (-s) X_Penalty (entero) Penalización para una coincidencia con 'X' (independientemente de la matriz PAM) (- X) Penalización de FrameShift (entero) para FrameShift entre Codon (FAST / TAST ) (- H) FrameShift_within (entero) Penalización para FrameShift dentro de un CODON (FASTY / TOPSY) (- J) Búsqueda ThreeFrame (interruptor) (J) Solo los tres marcos de adelante (TAPTA) (-3) invierte (interruptor) complementan la secuencia de consulta (todos los TAPTA) (-i) Genetic_Code (excl) Use GenETE C ODE PARA TRADUCCIÓN (TRAFASA / TAPTS FAST / FAST BANDA (INTEGER) Ancho de la banda usada para la optimización (-Y) Swalig (interruptor) Alineación de Smith-Waterman ilimitada para ADN (-A) NOOPT (Interruptor) Sin optimización limitada (-O) STAT (excl) especifique el cálculo estadístico. (-z) aleatorio (interruptor) Estimación de parámetros de estadísticas de las copias barajadas de cada histograma de secuencia de la biblioteca (-z) (interruptor) sin historial (-H) puntajes (entero) Número de puntajes de similitud que se muestran (-b) ALNS (INTEGER ) Número de alineaciones que se mostrarán (-D) HTML_OUTPUT (conmutador) SALIDA HTML (-M) MARKX (excepto) Visualización alternativa de coincidencias y desajustes en las secuencias de alineaciones init1 (interruptor) clasificadas por el puntaje Z basado en la puntuación INIT1 -1) z_score_out (exclo) Mostrar normalizar el puntaje como (-b) Showall (interruptor) Se muestran ambas secuencias en su totalidad en alineaciones (solo FASTA) (-A) Longitud de la línea de salida de LINLEN (INTEGER) para alineaciones de secuencia (máx. 200. 200 (-w) Desplazamientos (cadena) Inicie la numeración de las secuencias alineadas en la posición X1 X2 (2 números) (-x) Información (interruptor) Muestra más información sobre la secuencia de la biblioteca en la alineación (-L) estadísticas (Outfile). El identificador de secuencia, el número de superfamilia y las puntuaciones de similitud a este archivo (-R) filtrante (interruptor) filtrado en minúsculas (-s). e) tubo: mView_Input HTML_OUTFILE (Outfile) Requisitos: · Perl

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