Bio :: Herramientas :: Ejecutar :: Primer3 Cree información para y trabaje con la salida del programa Primer3
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Cree información para y trabaje con la salida del programa Primer3 BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Primer3 es un módulo Perl para crear entrada y trabajar con la salida del programa Primer3.SynopsisBio :: Herramientas :: Primer3 crea los archivos de entrada necesarios para diseñar cebadores usando PRIMER3 y proporciona mecanismos para acceder Datos en los archivos de salida Primer3.Este módulo proporciona una interfaz BIOPERL para el programa Primer3. Consulte http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html para obtener más información y para descargar el software. Este módulo debe funcionar para Primer3 Lanzamiento 1, pero no está garantizado para trabajar con versiones anteriores. # Diseñar algunos cebadores. # La salida se colocará en TEMP.OUT USE BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Primer3; Usa Bio :: seqio; My $ SEQO = BIO :: SEQO-> Nuevo (-File => 'Data / DNA1.FA'); My $ SEQ = $ SEQO-> NEXT_SEQ; My $ PRIMER3 = BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Primer3-> Nuevo (-SEQ => $ SEQ, -OUTFILE => "temp.out", -path => "/ usr / bin / primer3_core"); # o después del hecho de que puede cambiar el programa_name $ Primer3-> Program_Name ('my_suprefast_Primer3'); A menos que ($ Primer3-> ejecutable) {impresión stderr "cimer3 no se puede encontrar. ¿Está instalado? "; Exit (-1)} # ¿Cuáles son los argumentos y qué significan? Mis $ args = $ Primer3-> argumentos; Imprimir" Significado del argumento "Foreach My $ Key (teclas% {$ args}) {imprimir" $ clave ", $$ args {$ key}," "} # Establezca el Máximo y mínimo TM de la Primer $ Primer3-> Add_Targets ('PRIMER_MIN_TM' => 56, 'PRIMER_MAX_TM' => 90); # Designe los cebadores. Esto ejecuta PRIMER3 y devuelve a # Bio :: Herramientas: : Ejecutar :: Primer3 Objeto con los resultados $ Resultados = $ Primer3-> Ejecutar; # ver la biografía :: Herramientas :: Ejecutar :: Pod3 Pod para # cosas que puedes obtener de esto. Por ejemplo: imprimir "había" , $ resultados-> number_of_results, "cebadores "Bio :: Herramientas :: Ejecutar :: PRIMER3 Crea los archivos de entrada necesarios para diseñar cebadores usando PRIMER3 y proporciona mecanismos para acceder a los datos en los archivos de salida Primer3. Este módulo proporciona una interfaz BIOPERL para el programa Primer3. Consulte http: // www-genome.wi.mit.edu/genome_Software/OTHER/PRIMER3.HTML Para obtener más información y para descargar el software.developer commentsthis módulo se basa en uno escrito por Chad Matsalla. He arrancado un poco de su código y agregué un montón de mi propia. Requisitos: · Perl

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