Bio :: Herramientas :: Ejecutar :: TRIBEMCL BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: TRIBEMCL es un método para agrupar las proteínas en grupos relacionados, que se denominan "Familias de proteínas".
Descargar ahora

Bio :: Herramientas :: Ejecutar :: TRIBEMCL Clasificación y resumen

Bio :: Herramientas :: Ejecutar :: TRIBEMCL Etiquetas

Módulo perl Agrupamiento proteínas de agrupamiento Familias de proteínas proteínas

Bio :: Herramientas :: Ejecutar :: TRIBEMCL Descripción

BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: TRIBEMCL es un método para agrupar proteínas en grupos relacionados, que se denominan "familias de proteínas". BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: TRIBEMCL es un método para agrupar proteínas en grupos relacionados, que se denominan 'Familias de proteínas'.Synopsis Use BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: TRIBEMCL; Usa Bio :: Búsqueda; Métodos # 3 para ingresar los resultados de la explosión # Salida de explosión cruda hacia adelante recta (NCBI o WU-BLAST) MI @Params = ('inputtype' => 'blastfile'); Formato de programa # o # Markov # protein_id1 protein_id2 evalue_magnitude evalue_factor #, por ejemplo: # proteins adsp00000257547 y adsp00000261659 # con una puntuación BLAST Evaluación de 1E-50 # y proteínas O42187 y EnsP00000257547 # con una puntuación de explosión de 1E-119 # Entrada sería mi @array = , ]; MI @Params = ('pares' => @ Array, i => '2.0'); # O # Pase en un objeto de búsqueda # más lento de los 3 métodos, ya que hace un análisis más riguroso que lo requiera para nosotros aquí mi $ sio = bio :: searchio-> nuevo (-format => 'blow', -file => 'explosión fuera'); mi @params = ('inputtype' => 'búsqueda', i => '2.0'); # Puede especificar la ruta al ejecutable manualmente de la siguiente manera mi @params = ('inputtype' => 'blastfile', i => '2.0', 'mcl' => '/ home / shawn / software / mcl- 02-150 / SRC / SHMCL / MCL ',' matrix '=>' / home / shawn / software / mcl-02-150 / src / contrib / Tribe / Tribe-Matrix '); My $ FACT = BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Tribemcl-> Nuevo (@Params); # O $ hechos-> matrix_executable ('/ home / shawn / software / mcl-02-150 / src / contrib / Tribe / Tribe-Matrix'); $ hechos-> mcl_executable ('/ home / shawn / software / mcl-02-150 / src / shmcl / mcl'); # para ejecutar mis $ hechos = bio :: Herramientas :: Ejecutar :: Tribemcl-> Nuevo (@Params); # Ejecutar el programa # Devuelve una referencia de matriz a grupos donde los miembros son los IDS #, por ejemplo: 2 grupos con 3 miembros por grupo: # $ FAM = , ] # Pase en la BlastFile Path / Searchio obj / la matriz Ref To Puntuate My $ FAM = $ FACT-> RUN ($ SIO); # Imprima sus grupos para (My $ i = 0; $ i }). "Miembros"; foreach My $ Member (@ {$ FAM -> }) {impresión "t $ Membern"; }} Este agrupamiento se logra al analizar patrones de similitud entre proteínas en un conjunto de datos dado, y utilizando estos patrones para asignar proteínas en grupos relacionados. En muchos casos, las proteínas en la misma familia de proteínas tendrán propiedades funcionales similares. Lo que está nuevo en esta versión: · Perl

Bio :: Herramientas :: Ejecutar :: TRIBEMCL Software relacionado