Bio :: Herramientas :: conjeteSeqFormat Un módulo para determinar el formato de secuencia de los contenidos de un archivo, una cadena o a través de un FileHandle
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Módulo perl perla formato secuencia formato de secuencia FileHandle String

Bio :: Herramientas :: conjeteSeqFormat Descripción

Un módulo para determinar el formato de secuencia de los contenidos de un archivo, una cadena o a través de un grabador de archivos Bio :: Herramientas :: SuponesseqFormat es un módulo PERL para determinar el formato de secuencia de los contenidos de un archivo, una cadena o a través de un archivo FileHandle.Synopsis # para adivinar el formato de un archivo plano, dado un nombre de archivo: My $ GOITER = Bio :: Herramientas :: conjeteSeqFormat-> Nuevo (-File => $ nombre de archivo); My $ Format = $ GOITORER-> Adivina; # Para adivinar el formato de un FileHandle ya abierto: My $ GOQUESTER = BIO :: Herramientas :: SuplySeqFormat-> Nuevo (-FH => $ FileHandle); My $ Format = $ GOITORER-> Adivina; # Si el FileHandle es buscado (StDin no es), será # devuelto a su posición original. # Para adivinar el formato de una o varias líneas de texto (con # Newlines incrustados): My $ GOUGNER = BIO :: Herramientas :: conjetseqFormat-> Nuevo (-Text => $ Lodos Soft); My $ Format = $ GOITORER-> Adivina; # Para crear una biografía :: Herramientas :: SuponessseqFormat Objeto y configura el nombre # FileName, FileHandle o Line para analizar después: My $ GOQUESTER = BIO :: Herramientas :: AdulsoqFormat-> Nuevo (); $ supuesto-> archivo ($ nombre de archivo); $ GOITORER-> FH ($ FILEHANDLE); $ GOITESER-> Texto ($ Lodos de texto); # Para adivinar de una sola vez, dado por ejemplo. Un nombre de archivo: My $ Format = Bio :: Herramientas :: AdulsoqFormat-> Nuevo (-File => $ FileName) -> Adivina; Bio :: Herramientas :: SupussseqFormat intenta adivinar el formato ("Swiss", "PIR", "FASTA", etc.) de la secuencia o MSA en un archivo, en un Scalar, o a través de un FileHandle. El método de adivinación () de una biografía :: Herramientas :: SupusseqFormat Objeto examinará los datos, línea por línea, hasta que sea Encuentra una línea a la que solo se puede asignar un formato. Si no se puede hacer ninguna conjetura concluyente, se devuelve UNDEF. Si la biografía :: Herramientas :: AdulteSeqFormat Objeto se le da un archivo de archivo que se puede buscar, se restaurará a su posición original a la vuelta del método de Guess (). Requisitos: · Perl

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