Bio :: Sage :: Comparación

BIO :: SAGE :: Comparación El módulo compara los datos del análisis en serie de las bibliotecas de expresión génica (SAGE).
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Bio :: Sage :: Comparación Clasificación y resumen

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  • Perl Artistic License
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  • FREE
  • Nombre del editor:
  • Scott Zuyderduyn
  • Sitio web del editor:
  • http://search.cpan.org/~scottzed/Bio-SAGE-Comparison-1.00/lib/Bio/SAGE/Comparison.pm

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Bio :: Sage :: Comparación Descripción

Bio :: Sage :: Comparación El módulo compara los datos del análisis en serie de las bibliotecas de expresión génica (SAGE). Bio :: Sage :: Comparación El módulo compara los datos del análisis en serie de las bibliotecas de expresión génica (SAGE). HSYNOPSIS Use BIO :: SAIL :: Comparación; $ Sage = Bio :: Sage :: Comparación-> Nuevo (); Este módulo proporciona varias herramientas para comparar los datos generados por el análisis en serie de las bibliotecas de expresión génica (SAGE). El análisis localizado de la expresión génica (SAGE) es una técnica molecular para generar Una instantánea cercana de un transcriptoma de la población de células. Brevemente, la técnica extrae secuencias cortas en posiciones definidas de ARNm transcrito. Estas secuencias cortas se emparejan para formar ditags. Los Ditags se concatientan para formar secuencias largas que luego se clonan. El ADN clonado se secuencie entonces. Luego se emplean técnicas bioinformas para determinar las secuencias de etiquetas cortas originales, y para derivar su ARNm de progenitor. Se puede usar la cantidad de veces que se observa una etiqueta en particular para cuantificar la cantidad de una transcripción particular. La técnica original fue descrita por Velcululescu et al. (1995) y utilizó una etiqueta de secuencia de 14BP. Un protocolo modificado fue introducido por SAHA et al. (2002) que produjo ~ 21bp Tags.Purposethis Module facilita la comparación de las bibliotecas de SAGE. Específicamente: 1. Cálculos para determinar la importancia estadística de las diferencias de expresión. 2. Convertir dinámicamente las bibliotecas de etiqueta más larga a un tipo más corto para la comparación (por ejemplo, comparar una biblioteca de salvia regular VS. una biblioteca de sabio regular). BIVO SAPE regular (14mer) y Longsage (21mer TAG) son compatibles con este módulo. Significado estatístico en la biblioteca Las comparaciones se calculan utilizando el método descrito por Audic y Claverie (1997). El código se generó al portar directamente a la fuente C de C. Original de los autores. Requisiciones: · Perl


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