Bio :: Sage :: DataProcessing BIO :: SAGE :: DATAPROCESSING MÓDULO PROCESA EL ANÁLISIS DE EXPRESIÓN PRUENTE DE LA EXPRESIÓN GEN (SAGE).
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Bio :: Sage :: DataProcsing Módulo procesa el análisis en serie en bruto de datos de expresión génica (SAGE). Bio :: Sage :: DataProcsing Module Proceses Análisis en serie en bruto de expresión génica (SAGE) DATOS.SYNOPSIS Use BIO :: SAIGHER :: DATAPROCESSING; $ SAGE = BIO :: SAGE :: DATAPROCESSING-> Nuevo (); # secuencia abierta y archivos de calidad abiertos (lee, "biblioteca.rasta"); abrir (qual, "biblioteca.qual.fasta"); # Recoger ditags y estadísticas de lecturas $ Sage-> Process_Library (* lee, * Qual); # cerrar archivos cerrados (lee); cerrar (qual); # Etiquetas de salida en orden descendente de expresión Mis etiquetas% =% {$ Sage-> get_tagcounts ()}; abrir (etiquetas, "> biblioteca.tags"); Mapa {Etiquetas de impresión Unirse ("T", $ _, $ Tags {$ _}). "N"} Ordenar {$ Tags {$ b} $ Tags {$ A}} Teclas% Etiquetas; cerrar (etiquetas); # Tag aaAccgggTT coincide con dos genes diferentes #, por lo que el par de bases 15 puede ayudar a resolver esto $ SAGE-> Print_extra_Base_Calculation ($ SAGE-> get_extract_base_calculation ("aaaccgggttt"); Este módulo proporciona varias herramientas para procesar y analizar el análisis en serie de la expresión génica (Sage ) Bibliotecas. El análisis terrestre de la expresión génica (SAGE) es una técnica molecular para generar una instantánea casi global del transcriptoma de la población celular. Brevemente, la técnica extrae secuencias cortas en posiciones definidas de ARNm transcrito. Estas secuencias cortas se emparejan para formar ditags. Los Ditags se concatientan para formar secuencias largas que luego se clonan. El ADN clonado se secuencie entonces. Luego se emplean técnicas bioinformas para determinar las secuencias de etiquetas cortas originales, y para derivar su ARNm de progenitor. Se puede usar la cantidad de veces que se observa una etiqueta en particular para cuantificar la cantidad de una transcripción particular. La técnica original fue descrita por Velcululescu et al. (1995) y utilizó una etiqueta de secuencia de 14BP. Un protocolo modificado fue introducido por SAHA et al. (2002) que produjo ~ 21bp Tags.Purposethis Module facilita el procesamiento de datos de salvia. Específicamente: 1. Extraer ditags de lecturas de secuencia cruda. 2. Extraer etiquetas de DITAGS, con la opción de excluir las etiquetas si las puntuaciones de Fred (descrito por Ewing y Green, 1998a y Ewing et al., 1998b) no cumplen con un valor límite mínimo. 3. Cálculo de los valores descriptivos 4. Análisis estadístico para determinar, cuando sea posible, los nucleótidos adicionales para extender la longitud de la etiqueta de sabio (facilitando así la etiqueta más precisa a la asignación de genes). BAJO RIGUD regular (etiqueta 14) y Longsage (21mer TAG) apoyado por este módulo. Los protocolos futuros deben ser configurables con este módulo. Requisitos: · Perlwhat's NUEVO en esta versión: · Errores de ortografía menores y mal uso de la terminología fija en los documentos. El módulo ahora permite archivos FASTA con una línea en blanco que el encabezado (denotando un intento de lectura sin secuencia), pero imprime una advertencia al stderr que esto ha sucedido. Módulo murió anteriormente.

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