Bio :: SeqFeature :: Herramientas :: Inflater BIO :: SEQFeature :: Herramientas :: Unflattar es un módulo PERL que convierte la lista plana de las características de origen de GenBank.
Descargar ahora

Bio :: SeqFeature :: Herramientas :: Inflater Clasificación y resumen

Bio :: SeqFeature :: Herramientas :: Inflater Etiquetas

Módulo perl jerarquía bioperl jerarquía SeqFeature Herramientas SEQFeature Seqfeature

Bio :: SeqFeature :: Herramientas :: Inflater Descripción

BIO :: SEQFeature :: Herramientas :: Unflacerner es un módulo PERL que convierte la lista plana de las características de origen de GenBank. BIO :: SEQFeature :: Herramientas :: Unflatterne es un módulo PERL que convierte la lista plana de las características de origen de Genbank en una jerarquía de SECFEATUREI NO NESTIDA.SYNOPSIS # Uso estándar / genérico: desacelerar un registro de GenBank Use BIO :: SEQIO; Use BIO :: SEQFeature :: Herramientas :: Inflater; # Generar un objeto incansante $ UNFLATTER = BIO :: SEQFeature :: Herramientas :: InflatTERN-> Nuevo; # First Fetch un objeto GenBank SEQI $ SEQO = BIO :: SEQIO-> NUEVO (-FILE => 'AE003644.GBK', -Format => 'Genbank'); My $ OUT = BIO :: SEQO-> Nuevo (-Format => 'asciitree'); Mientras ($ SEQ = $ SEQO-> NEXT_SEQ ()) {# Obtenga objetos de SECFFEATUREI de nivel superior no flatores $ UNFLATTERN-> UNFLATTEN_SEQ (-SEQ => $ SEQ, -USE_MAGIC => 1); $ fuera-> escribe_seq ($ seq); @top_sfs = $ seq-> get_seqfeatures; Foreach My $ SF (@TOP_SFS) {# Haga algo con las características de nivel superior (por ejemplo, genes)}} La mayoría de las entradas de GenBank para ADN genómico anotado contienen una lista plana de características. Estas características se pueden analizar en una lista plana equivalente de objetos BIO :: SEQFEATUREI utilizando las clases de Bio :: Seqio. Sin embargo, a menudo es deseable desírjenar esta lista en algo que se asemeja a los modelos de genes reales, en los que los genes, los ARNm y los CDS están anidados de acuerdo con la naturaleza del modelo de genes. El modelo de objetos Bioperl nos permite almacenar este tipo de asociaciones entre SECFeatures en Jerarquías de contención: cualquier objeto SEQFeaturei puede contener objetos SEQFeaturei anidados. The Bio :: SeqFeature :: Herramientas :: Un objeto inneguant Facilita la construcción de estas jerarquías de la representación subyacente de la lista de características planas de GenBank. Requisitos: · Perl

Bio :: SeqFeature :: Herramientas :: Inflater Software relacionado