Bio :: db :: gff :: característica BIO :: DB :: GFF :: Feature es un segmento relativo identificado por un tipo de característica.
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Bio :: db :: gff :: característica Clasificación y resumen

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Bio :: db :: gff :: característica Descripción

BIO :: DB :: GFF :: Feature es un segmento relativo identificado por un tipo de característica. BIO :: DB :: GFF :: Feature es un segmento relativo identificado por una característica Type.bio::db: a :gff::feature es un tramo de secuencia que corresponde a una única anotación en una base de datos GFF. Hereda de Bio :: DB :: GFF :: Muestra, y también lo ha hecho todo el apoyo a la dirección relativa de esta clase y sus antepasados. También habita desde Bio :: seqfeaturei, y también lo ha hecho los métodos de inicio (), parada (), primario_tag () y ubicación () (implementa bio :: locationi también, si es necesario) .bio :: db :: gff: : Función Agrega nuevos métodos para recuperar el tipo, el grupo y otros atributos de la anotación. Los tipos de anotación están representados por BIO :: DB :: GFF :: TypeName Objects, una clase simple que tiene dos métodos llamados Método () y Fuente (). Estos corresponden al método y los campos de origen de un archivo GFF. Los grupos de banderas sirven el doble propósito de dar la anotación un nombre legible por humanos, y proporcionar grupos de subfabaduras de orden superior en características. Los grupos devueltos por este módulo son objetos de la biografía :: db :: gff :: featname class.bio::db: a :gff::feature hereda de e implementa los métodos abstractos de bio :: seqfeaturei, lo que le permite interoperar con Otros módulos bioperl. En general, no creará ni manipulará BIO :: DB :: GFF :: Personalizar objetos directamente, pero use aquellos que son devueltos por el método BIO :: DB :: GFF :: KFFSMENT-> Funciones (). Nota importante sobre el inicio () vs Fin () Si las características se derivan de segmentos que usan la dirección relativa (que es el valor predeterminado), luego el inicio () será menor que el final () si la función está en la cadena opuesta de la secuencia de referencia . Esto rompe Bio :: Cumplimiento de SEQI, pero es necesario para evitar que las ubicaciones genómicas reales designadas por START () y FIN () Cambie los lugares al cambiar los puntos de referencia. Para evitar este comportamiento, llame a $ segmento-> Absoluto (1) antes de recuperar Características de ello. Esto obligará a todo a coordenadas absolutas. Por ejemplo: My $ segmento = $ db-> segmento ('cromosome_i'); $ segmento-> absoluto (1); mis @features = $ segmento-> Características ('Transcripción'); Requisitos: · Perl

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