Bioperl A PERL Extensiones para bioinformática.
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Bioperl Clasificación y resumen

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perla Extensiones bioperl extensiones de Perl

Bioperl Descripción

Una perl extensiones para bioinformática. El proyecto BIOPERL es una colección de módulos PERL que facilitan el desarrollo de los scripts de Perl para aplicaciones de bioinformática. Como tal, no incluye los programas listos para usar en el sentido de que muchos paquetes comerciales y las interfaces basadas en la web gratuitas hacen (por ejemplo, Entrez, SRS). En la otra mano, Bioperl proporciona módulos de PERL reutilizables que facilitan la escritura de secuencias de secuencias. Manipulación, acceso a bases de datos utilizando una gama de formatos de datos y ejecución y análisis de los resultados de varios programas de biología molecular, incluyendo Blast, Clustalw, Tcoffee, Genscan, Estscan y Hmmer. En consecuencia, BIOPERL permite desarrollar scripts que pueden analizar grandes cantidades de datos de secuencia de formas que normalmente son difíciles o imposibles con los sistemas basados ​​en la web. En el orden de aprovechar Bioperl, el usuario necesita una comprensión básica del lenguaje de programación de Perl, incluida la comprensión de Cómo usar las referencias, módulos, objetos y métodos de Perl. Si estos conceptos no están familiarizados, el usuario se refiere a cualquiera de los diversos libros introductorios o intermedios en PERL. Le gustó el idioma de S. Holzmer Perl Core, la tecnología de Coriolis, por ejemplo. Este tutorial no pretende enseñar a los fundamentos de Perl a aquellos con poca o ninguna experiencia en el lenguaje PERL. Por otro lado, el conocimiento avanzado de PERL, como cómo escribir un módulo PERL orientado a objetos, no se requiere para usar con éxito bioperl.bioperl es un software de código abierto que aún está bajo desarrollo activo. Las ventajas del software de código abierto son bien conocidas. Incluyen la capacidad de examinar y modificar libremente el código fuente y la exención de las tarifas de licencias de software. Sin embargo, dado que el software de código abierto suele ser desarrollado por un gran número de programadores de voluntarios, el código resultante a menudo no está tan claramente organizado y su interfaz de usuario no es tan claramente organizada. Estandarizado como en un producto comercial maduro. En cualquier proyecto, en cualquier proyecto bajo desarrollo activo, la documentación puede no mantenerse al día con el desarrollo de nuevas características. En consecuencia, la curva de aprendizaje para desarrollar activamente, el software de origen de código abierto a veces es empinada. Requisitos: · Perl ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Esta es la primera versión central en la serie 1.6, y la primera versión estable después de 5 años de lanzamientos de desarrollo.

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