Codonw CODONW es un programa diseñado para simplificar el análisis multivariado (análisis de correspondencia) del uso de codones y aminoácidos.
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CODONW es un programa diseñado para simplificar el análisis multivariado (análisis de correspondencia) del uso de codones y aminoácidos. CODONW es un programa diseñado para simplificar el análisis multivariado (análisis de correspondencia) del uso de codones y aminoácidos. También calcula los índices estándar del uso de codones. Tiene interfaces de menú y línea de comandos. El proyecto CODONW fue escrito por John Peden en el laboratorio de Paul Sharp, Departamento de Genética, Universidad de Nottingham. John está trabajando en la genética humana y actualmente está empleado como Administrador de bases de datos de procardis en el WTCHG en la Universidad de Oxford. Aquí hay algunas características clave de "CODONW": · Escrito en ANSI compatible con C · Menú accionado · Número extenso de opciones de línea de comandos · Código genético Independiente · Sin límites en 1. Número de secuencias 2. Longitud de la secuencia · Calcula los índices de uso del codón1. CAI: Índice de adaptación de codones2. FOP: Frecuencia de codones óptimos3. NC: Número efectivo de codones4. CBI: Índice de sesgos de codones · Calcula los índices de aminoácidos1. Puntuación de salsa2. Aromaticity · Calcula el análisis de correspondencia de 1. Codón Uso2. RSCU (uso del codón relativo) 3. Uso de aminoácidos · Análisis de correspondencia 1. Puede incluir / excluir codones / aminoácidos2. Puede generar informes detallados de tendencias3. intenta identificar codones óptimos automáticamente4. Puede permitir que se agreguen conjuntos de datos adicionales 5. Registros Cualquier número de tendencias · Calcula los parámetros genéticos1. Longitud del gen2. Posición GC, GC3S y CODONG ESPECÍFICO G + C 3. Composición de dinucleótidos (en los tres cuadros de codones) 4. Uso de aminoácidos5. Uso relativo de aminoácido6. Uso de Codon7. El uso del codón con respecto al relativamente · Puede traducir conceptualmente secuencias a proteínas · Datos de secuencia de reformatos · Salida de lectura humana o legible · Puede concatenar genes (mientras que conservan el marco de lectura) para calcular1. Uso general de codón2. Contenido de GC3. Composición de dinucleótidos · Genera tablas de codón, aminoácido o uso de RSCU · Incluso puede ayudarlo a aprender el código genético. · Y más

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