Copasi Una herramienta para la simulación y el modelado de redes bioquímicas.
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Copasi Clasificación y resumen

Copasi Etiquetas

simulación redes bioquímico Modelado de redes bioquímicas. ecuaciones cinéticas

Copasi Descripción

Una herramienta para la simulación y el modelado de redes bioquímicas. COPASI es una herramienta para la simulación y el modelado de redes bioquímicas. El paquete de software tiene una GUI que permite a los usuarios definir modelos de red bioquímicos ingresando reacciones químicas y ecuaciones cinéticas. Un potente motor de simulación puede realizar simulaciones de la dinámica de las redes y llevar a cabo muchos análisis computacionales diferentes. Copasi puede simular dinámicas utilizando un enfoque de ODE o un enfoque de cinética química estocástica (algoritmos de tipo Gillespie). Aquí hay algunas características clave de "COPASI": Modelo: · Red de reacción química. · Funciones cinéticas arbitrarias. · Odas para compartimentos, especies y cantidades globales. · Asignaciones para compartimentos, especies y cantidades globales. · Asignaciones iniciales para compartimentos, especies y cantidades globales. Análisis: · Simulación de curso estocástica y determinista. · Análisis de estado estable (incluida la estabilidad). · Análisis de control metabólico / análisis de sensibilidad. · Análisis de modo elemental. · Análisis de conservación de masas. · Cálculo de los exponentes de Lyapunov. · Scanse de parámetros. · Optimización de funciones objetivas arbitrarias. · Estimación de parámetros utilizando datos del curso de tiempo y / o experimentos de estado estable simultáneamente. · Interfaz gráfica de usuario (COPASIUI) · Deslizadores para cambios de parámetros interactivos. · Parcelas e histogramas. · Línea de comando (copasise) para el procesamiento por lotes. · Importación SBML (L1V1 + 2, L2V1-3) ​​y exportación (L1V2, L2V1-3). · Carga de archivos Gepasi. · Exportar a Berkeley Madonna, XPPAUT y C código fuente del sistema ODE generado desde el modelo. · Versiones para MS Windows, Linux, Mac OS X y Solaris SPARC. ¿Qué hay de nuevo en esta versión: · Nuevas características · No hay nuevas características en esta versión. Esta es una versión de error de error para COPASI 4.3 (Build 25) · Corrección de errores · Interfaz gráfica de usuario (COPASIUI) · La expresión inicial según los valores numéricos fijos ahora se actualiza correctamente. · Problema fijo que puede llevar a un choque al ejecutar la tarea de conservación de masas. · Funcionamiento fijo en el cuadro de diálogo para especificar los datos experimentales de la estimación del parámetro que ocurrió en casos raros. · Problema fijo donde el corte y la pasta de expresiones matemáticas para las asignaciones de odas y las tareas iniciales podrían llevar a resultados espurios después de haber cometido los datos. · Motor de simulación. · Se corrigió un posible caída en el cálculo de MCA que puede ocurrir si el modelo contiene especies de tipo ODE o asignación. · SBML · Se corrigió el uso múltiple del mismo SID en las exportaciones SBML. Este problema solo ocurrió cuando el modelo se ha importado previamente de SBML. · La bandera constante ahora está configurada correctamente si una especie se cambia de constante a determinada por reacciones en COPASI. Este problema solo ocurrió cuando el modelo se ha importado previamente de SBML. ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Corrección de errores.

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