Cromosoma :: mapa Generar imágenes de GD de mapas de cromosomas
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Módulo perl generador mapas Imágenes de GD Mapas de cromosomas cromosoma

Cromosoma :: mapa Descripción

Generar imágenes de GD de mapas de cromosomas. CROMOSO :: MAP es un módulo PERL que puede producir un archivo de imagen de mapa cromosómico. Se puede utilizar para dibujar mapas genéticos o físicos. Varias pistas (es decir, la lista de marcadores) se puede agregar al mapa cromosómico: Pista de marcadores y seguimiento de la región del intervalo QTL (ver sinopsis). Una lista de colores de colores está disponible en http://chicken.geneuest.org/documentations/chromosomemap/#colorssynopsis #! / Usr / bin / perl -w # Este script produce un mapa cromosómico con varios marcadores y región de intervalo de QTL #. Se agrega un contenido falso% GC al uso estricto del cromosoma; usar cromosoma :: mapa; MI% H = (ADL120 => '25', ADL035 => '5', ADL034 => '4', MCW014 => '110', MCW123 => '89', MCW340 => '70', Lei456 = >> '132', Lei451 => '130', Lei452 => '130.5', Lei453 => '130.7', Lei454 => '131', Lei455 => '131.4', Lei457 => '132', MCW087 => ' 50 ', MCW012 =>' 12 ', MCW051 =>' 51 ', ADL121 =>' 26 ', ADL123 =>' 27 ', ADL122 => '26 .2', MCW114 => '45', Lei258 => '15 ', MCW240 => '45 .1', MCW247 => '110', Lei556 => '44', MCW614 => '45 .2 ', ADL067 =>' 5.3 ', MCW140 => '45 .2', Lei056 => '45 .6 ' ,); MY $ MAm = Chromosome :: Map-> New (-length => '140', -Name => 'GGA5', -Height => '500', -units => 'cm',); My $ talla = $ MAP-> get_map_size; Mis $ unidades = $ MAP-> get_map_units; Imprimir "Tamaño del mapa: $ Tamaño $ unidades "; mi $ mark_track = cromosoma :: mapa :: pista-> nuevo (-name => '' marcadores ', -tipo =>' marcador ',); My $ qtl_track = cromosome :: map :: pista-> nuevo ( -name => 'qtl', -type => 'intervalo',); My $ gc_track = cromosoma :: mapa :: pista-> nuevo (-name => '% gc content', -type => 'característica' , -display => 'relativo', -render => 'gradiente',); # agregando pistas a mapa $ map-> add_track ($ mark_track); $ map-> add_track ($ qtl_track); $ map-> add_track ( $ Gc_track); My $ NB_TRACK = $ MAP-> get_nb_tracks; imprimir "nb pista: $ nb_track "; # Generando un elemento relativo de características falsas y agregarlos en la pista # solo para un propósito ilustrativo mi% gc; para (My $ i = 0; $ inew (-loc => $ nb, -color => 'indigo', - valor => $ gc {$ nb}, -valuetype => 'relativo',); $ gc_track-> add_element ($ gc);} mi @color = qw (blueviolet darkgoldennrod negro softblue khaki rojo azul tomate); foreach mis $ marca (teclas% h) {My $ i = abs (int (rand (color $ # #)); mi $ marcador = cromosoma :: mapa :: element-> nuevo (-name => $ marca, -loc => $ H {$ Mark}, -Color => $ Color ,); $ mark_track-> add_element ($ marcador);} # define el elemento qtl My $ qtl1 = cromosoma :: mapa :: bloque-> nuevo ( -name => 'bw', -start => '3', -end => '11', -color => 'darkgoldenrod', my $ qtl2 = cromosoma :: mapa :: bloque-> nuevo (- NOMBRE => 'FAT', -Start => '92', -End => '100', -Color => 'DarkGoldenrod', My $ QTL3 = Chromosome :: Mapa :: Block-> Nuevo (-name => 'Lean', -Start => '112', -end => '120', -Color => 'Darkgoldenrod',); My $ QTL4 = Chromosome :: Mapa :: Block-> Nuevo (-name = > 'Egg Dev', -Start => '95', -End => '115',); My $ QTL5 = Chromosome :: Mapa :: Block-> Nuevo (-Name => 'IC', -Start => '91', -End => '122', -Color => 'BlueViolet',); My $ QTL6 = Chromosome :: Mapa :: Block-> Nuevo (-Name => 'Born', -Start => '20', -End => '130',); My $ QTL7 = Chromosome :: Mapa :: Block-> Nuevo (-Name => 'Reproducción', -Start => '20', -End => '130',); $ qtl_track-> add_element ($ qtl1); $ qtl_track-> add_element ($ qtl2); $ qtl_track-> add_element ($ qtl3); $ qtl_track-> Add_Element ($ QTL4); $ qtl_track-> add_element ($ qtl5); $ qtl_track-> add_element ($ qtl6); $ qtl_track-> add_element ($ qtl7); My $ PNG = $ MAP-> PNG; My $ filename_png = "chr_map.png"; ABIERTO (PNG, "> $ FILENAME_PNG") || Die "No se puede crear archivo: $ filename_png! "; binmode png; imprime png $ png; cierre PNG; Requisitos: · Perl

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