Dawgpaws Un conjunto de programas de línea de comandos escritos en Perl que aceleran la anotación de genes y elementos transpositibles en los genomas de la planta
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Un conjunto de programas de línea de comandos escritos en PERL que acelera la anotación de genes y elementos transponibles en los genomas de la planta Los scripts en la suite DAWGPAWS están diseñados para facilitar la generación de resultados de alto rendimiento de los resultados computacionales para GENDAWGPAWS es un conjunto de scripts escritos en PERL que desean ayudar a un grupo de trabajo de anotación distribuido (DAWG) en la anotación de secuencias de contads de tamaño de BAC. Dado que esta suite de software se escribió inicialmente para anotar los BAC de trigo muestreados aleatoriamente, se refiere como una tubería para anotar las secuencias de trigo (PAWS). Aunque estos programas se diseñaron inicialmente para el trigo, los scripts se pueden aplicar a casi cualquier tubo de anotación de secuencia eucariota. Los scripts en la suite DAWGPAWS están diseñados para facilitar la generación de rendimiento de alto rendimiento de los resultados computacionales para la anotación de genes y la anotación de elementos transposibles utilizando un número de Programas de anotación de secuencia existentes. Estos resultados se convierten de la salida nativa de los programas de anotación individuales al formato de archivo GFF estándar. Dado que un archivo GFF es un archivo de texto de la pestaña simple, múltiples resultados de computación para una sola secuencia se puede concatenar fácilmente utilizando herramientas de maninapulación de texto estándar, como gato; Prueba de que los gatos y dawgs pueden jugar bien juntos. DaWGPAWS Proporciona herramientas adicionales para facilitar el uso de la herramienta de curación de anotación del genoma de Apollo para la visualización y la curación de los resultados de la computación. El uso de DAWGPAWS es a través de una serie de programas de línea de comandos. Se eligió una interfaz de línea de comando, ya que estos programas generalmente se ejecutarán de forma remota en máquinas de alta preformance que ejecutan alguna versión del sistema operativo UNIX / Linux. Dado que se ha escrito una línea de comando Inteface para todos los programas, no se requiere un conocimiento especial de PERL para usar esta suite. Sin embargo, dado que algunos scripts de Perl se basan en módulos de Perl externos, un conocimiento de trabajo de PERL será útil al instalar DAWGPAWS.How a CITE DAWGPAWSA Manuscript se ha enviado la descripción del programa DAWGPAWS. Hasta que se publique este manuscrito, consulte el sitio web de DaWGPAWS SourceForge al describir su uso de este programa.jc Estill y JL Bennetzen. 2009. El gasoducto DAWGPAWS para la anotación de genes y elementos transponibles en los genomas de la planta. Annotation ProgramesDawgPAWS incluye scripts para trabajar con evidencias computacionales de los siguientes programas independientes y sitios web. Puede obtener información para los siguientes programas haciendo clic en el nombre del programa de anotación, y puede obtener la documentación del script DAWGPAWS haciendo clic en el nombre del script. Para obtener información completa sobre la instalación y el uso de estos programas, consulte el manual de DAWGPAWS. Estos programas de anotación no se incluyen en el programa DAWGPAWS y deben instalarse por separado. Aquí hay algunas características clave de "DawgPlaws": · Manipulación de archivos FASTA para preparar secuencias para la tubería de anotación. · Anotación de huecos en los ensamblajes de secuencia. · Ejecutando AB Initio Gene Anotation y programas de anotación de elementos transposibles en una tubería de alto rendimiento · Blast Pipeline Adecuado para su uso en un marco de computación de clústeres · Conversión de salida del software de anotación al formato común del archivo GFF · Conversión de archivos GFF al formato Game.xml La ayuda está disponible en todos los programas de línea de comandos utilizando indicadores de línea de comandos. Ayuda a la información y los archivos manuales completos aún están en desarrollo para algunos programas. Para acceder a la Ayuda donde PROGNAME es el nombre del programa individual: · PROGNAME --Usage · Generar un mensaje de uso básico con información sobre los argumentos requeridos. · PROGNAME --Help · Generar un mensaje de ayuda más extenso que incluye argumentos requeridos y todas las opciones · PROGNAME --MAN · Ver el manual completo para el programa. · Las páginas manuales para los programas individuales están disponibles en el sitio web de DAWGPAWS y están incluidos en la descarga de Release-1.0 de la suite DAWGPAWS. Requisitos: · Perl

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