Ir :: AnnotationProvider :: AnnotationParser Ir :: AnnotationProvider :: AnnotationParser es un módulo Perl que puede analizar un archivo de anotación de genes.
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Ir :: AnnotationProvider :: AnnotationParser es un módulo PERL que puede analizar un archivo de anotación de genes. Ir :: AnnotationProvider :: AnnotationParser es un módulo PERL que puede analizar un archivo de anotación de genes. HSYNOPSISGO :: AnnotationProvider :: AnnotationParser: lee un archivo de asociaciones de genes de ontología genética y proporciona métodos para recuperar las anotaciones de Go para la entidad anotada . Nota, es insensible de la caja, con algunas advertencias: vea la documentación a continuación. My $ AnnotationParser = Go :: AnnotationProvider :: AnnotationParser-> Nuevo (AnnotationFile => "Data / Gene_association.sgd"); My $ GENENESAME = "AAT2"; Imprimir "GO ASOCIACIONES PARA GENES:", Únase a ("", $ anotationparser-> goidsbyname (nombre => $ Gendename, Aspect => 'P')), "n"; Imprimir "ID de base de datos para Gene:", $ AnnotationParser-> DatabaseidByName ($ GeneName), "N"; Imprimir "Nombre de la base de datos:", $ anotationparser-> DatabaseSename (), "N"; Imprimir "Nombre estándar para el gen:", $ anotationparser-> StandardNameByName ($ GeneName), "N"; My $ i; My @GENENAMES = $ anotationparser-> allssandardnames (); foreach $ i (0..10) {imprimir "$ Genecos n"; } Ir :: AnnotationProvider :: AnnotationParser es una subclase de concreto :: AnnotationProvider, y crea un nombre de genes de asignación de estructura de datos para ir a las anotaciones al analizar un archivo de anotaciones proporcionadas por el Genes Ontology Consortium. Este paquete proporciona métodos de objeto para recuperar. Anotaciones que han sido analizadas de un archivo de 'asociaciones de genes', proporcionado por el consorcio de ontología del gen. El formato para el archivo es: ¿Líneas que comienzan con un '!' El personaje son líneas de comentarios. Contenidos de cardinalidad de columna ------ ------------------------------------------ ------------------------------- 01 Abreviatura de la base de datos para la fuente de anotación (por ejemplo, SGD) 11 Identificador de base de datos de la Entidad anotada 21 Nombre estándar de la entidad anotada 30,1 NO (Si un gen no está específicamente anotado al término) 41 GOID de la anotación 51, n Referencia (s) para el código de evidencia de anotación 61 anotación 70, n con o desde (un bit misterioso) 81 Aspecto de la anotación (C, F, P) 90,1 Nombre del producto que se anotó 100, N alias (ES) del producto anotado 111 Tipo de entidad anotada (una de genes, transcripción, proteína) 121,2 ID taxonómico del organismo que codifica y / o utilizando el producto 131 Fecha de la anotación YYYYMMDD 141 Asignada_by: La base de datos que hizo que los anotationcolums estén separados por pestañas. Para aquellas entradas con una cardinalidad mayor que 1, las entradas múltiples son la tubería, los detalles delimitados. Se pueden encontrar detalles en: http: //www.geneontology.org/doc/go.annotation.html#filethe siguiendo suposiciones sobre el archivo se hacen (y debe ser cierto): 1. Todos los alias aparecen para todas las entradas de un producto anotado dado 2. Los identificadores de la base de datos son únicos, ya que dos entidades diferentes no pueden tener la misma ID de la base de datos. Requisitos: · Perl

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