Ir :: TERMFINDER Ir :: Termfinder es un módulo PERL que puede identificar los nodos de Go que anotan un grupo de genes con un valor P significativo.
Descargar ahora

Ir :: TERMFINDER Clasificación y resumen

Ir :: TERMFINDER Etiquetas

Módulo perl perla módulo Identificar go nodos Genes de valor P

Ir :: TERMFINDER Descripción

Ir :: Termfinder es un módulo Perl que puede identificar los nodos de Go que anotan un grupo de genes con un valor P significativo. Ir :: Termfinder es un módulo PERL que puede identificar los nodos de Go que anotan un grupo de genes con un valor P significativo. Este paquete está destinado a proporcionar un método por el cual los valores P de un conjunto de anotaciones de IR se pueden determinar para un Conjunto de genes, basado en el número de genes que existen en el genoma en particular (o en una distribución de fondo seleccionada del genoma), y su anotación, y la frecuencia con la que los nodos GoN se anotan a través del conjunto de genes proporcionados. El valor P se calcula simplemente utilizando la distribución hipergeométrica como la probabilidad de x o más de los n genes que tienen una anotación dada, dado que G de N tiene esa anotación en el genoma en general. Elegimos la distribución hipergeométrica (muestreo sin reemplazo), ya que es más preciso, aunque más lento para calcular, que la disturbio binomial (muestreo con reemplazo). Además, se puede calcular un valor P corregido, para corregir las pruebas de hipótesis múltiples. El factor de corrección utilizado es el número total de nodos a los que se anotan la lista de genes proporcionados, exceptuando cualquier nódulo que tenga solo una única anotación en el fondo, como a priori, sabemos que estos no se pueden enriquecer significativamente. El cliente tiene acceso a los valores corregidos y no corregidos. También es posible corregir el valor P con 1000 simulaciones, que controlan la tasa de error de la familia, utilizando esta opción, sugiere que la corrección de Bonferroni es, de hecho, de hecho, algo liberal, en lugar de conservador, como podría esperarse. Finalmente, también se puede calcular la tasa de descubrimiento falsa. La idea general es que una lista de genes puede haber sido identificada por alguna razón, por ejemplo, Se pueden usar coregulados, y se puede usar Termfinder para averiguar si los nodos anotan el conjunto de genes a un nivel extremadamente improbable si los genes simplemente se habían escogido al azar. Requisitos: · Perl

Ir :: TERMFINDER Software relacionado