Ir :: apphandle Ir :: AppHandle es un controlador de API de datos de ontología genética.
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Ir :: AppHandle es un manejador de API de datos de ontología genética. Ir :: AppHandle es un handler de API de datos de ontología de genes. Uso de HSYNOPSIS IR :: AppHandle; My $ dbname = "Go"; # conectarse a una base de datos en un host específico $ apph = go :: apphandle-> conecte (-dbname => $ dbname, -dbhost => $ mysqlhost); # Ejemplo 1 # obtener un término GO del término de DataSource $ = $ apph-> get_term ({acc => "Ir: 0003677"}); PrintF "GO TERL; NOMBRE =% S ID =% SN", $ Term-> Nombre (), $ Term-> Public_ACC (); # Ejemplo 2 # Obtención de una lista de asociaciones al ER # (y todos los términos de Go que son subtipos del ER, o # ubicado dentro del ER) # para el cual hay una evidencia razonablemente buena # (Autor / Ensayo Directo Trazable) $ Assocs = $ apph-> get_associations ({nombre => "retículo endoplásmico"}, {evcodes => }); Foreach My $ Assoc (@ $ Assocs) {PRUPF "Gene:% s Evidencia de asociación:% s% s", $ Assoc-> Gene_Product-> Symbol, $ Assoc-> Evidencia-> Código (), $ Assoc-> evidencia-> xref-> xref_key (); } # Ejemplo 3 # Factorando un subgrafo de GO $ SHOP = $ Apph-> get_graph (-acc => 3677, -depth => 3); Foreach My $ TERM (@ {$ RAPH-> get_all_nodes}) {printf "go a término; nombre =% s ID =% SN", $ Term-> Nombre (), $ Term-> Public_ACC (); } # Ejemplo 4 # Obtención de un Subtógrafo de Ir, # y usando un grafito iterador en # Mostrar el gráfico $ gráfico = $ apph-> get_graph_by_search ("ADN HELICASE *"); $ it = $ graph-> create_iterator; Mientras (MIS $ NI = $ IT-> Next_Node_Instance) {$ Profundidad = $ Ni-> Profundidad; $ término = $ ni-> plazo; Printf "% s Término =% s (% s) // n_asocs =% s // profundidad =% dn", "----" x $ de profundidad, $ término-> nombre, $ término-> public_acc, $ término -> n_asociaciones || 0, $ la profundidad; } # Ejemplo 5 # obtener un Subgrafo de Ir, # restricción por los productos de genes # Obtenga todos los términos que se utilizaron para anotar estos dos genes SGD $ términos = $ apph-> get_terms ({productos => }); # construir un gráfico todo el camino hacia los nodos de las hojas # de los términos anteriores $ gráfico = $ apph-> get_graph_by_terms ($ términos, -1); # Crear un iterador en el gráfico $ it = $ Graph-> Create_iterator; # iterar a través de cada nodo en gráfico mientras (MIS $ NI = $ IT-> Next_Node_Instance) {$ Profundidad = $ Ni-> Profundidad; $ término = $ ni-> plazo; printf "% s Término =% s (% s) // asocs =% sn", "----" x $ Profundidad, $ Term-> Nombre, $ Term-> Public_ACC, Únase a ("", mapa { $ _-> gene_product-> acc}} {$ TERM-> asociadora_list}); } Requisitos: · Perl

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