Medio ambiente de simulación de electrofisiología celular El ambiente de simulación de electrofisiología celular es un entorno de simulación para la electrofisiología.
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Medio ambiente de simulación de electrofisiología celular Clasificación y resumen

Medio ambiente de simulación de electrofisiología celular Etiquetas

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Medio ambiente de simulación de electrofisiología celular Descripción

El ambiente de simulación de electrofisiología celular es un entorno de simulación para la electrofisiología. El entorno de simulación de electrofisiología celular (CESE) es un marco integral específicamente diseñado para realizar simulaciones electrofisiológicas computacionales, por ejemplo, simulaciones de actividad eléctrica de miocitos cardíacos. El entorno de simulación de electrofisiología de Cell es útil para simulaciones de potenciales de acción, corrientes iónicas individuales y cambios en las concentraciones iónicas. .Cese es un programa multiplataforma, se ejecuta en cualquier sistema que tenga un entorno de tiempo de ejecución de Java (JRE) versión 1.4 o superior. Se probó en Windows, Linux, Solaris, MacOS X y AIX.Cese, los usuarios de Aix.cese es un entorno integrado para realizar simulaciones computacionales utilizando una variedad de modelos electrofisiológicos. Esta etapa CESE permite la creación y ejecución de los modelos de una sola célula (que contiene ambos Hodgkin-Huxley (HH) y formulaciones actuales de Markovia). Los modelos de actividad eléctrica de los miocitos cardíacos con código fuente se incluyen en la distribución CESE. Esperamos ampliar la cantidad de modelos disponibles, y agregar ciertos modelos neuronales en el futuro. La principal resistencia de la CESE está en su uniformidad � Una interfaz del programa sigue siendo la misma para diferentes tipos de modelos. Puede cambiar fácilmente entre modelos y comparar las salidas de simulación. Los parámetros del modelo se pueden modificar, seleccionados para la salida y / o sujetados de la misma manera, la forma estándar. Cese extiende el significado electrofisiológico convencional de la "abrazadera de voltaje". Puede sujetar virtualmente cualquier variable de modelo, incluido el voltaje (potencial de membrana), las corrientes iónicas totales o individuales, las concentraciones iónicas, la temperatura, las variables de gatting, etc. Los comandos de sujeción pueden ser funciones de piezas complejas, establecidas individualmente para la variable modelo de interés. . Esto abre infinitas posibilidades para la exploración del comportamiento modelo complejo. Proporciona visualizaciones de datos simples, pero eficientes. Los resultados de la simulación se pueden presentar en las formas gráficas y tabuladas. Las parcelas se pueden personalizar, y las regiones de interés zoomed. Aunque Cese no se diseñó para ser una herramienta de análisis de datos, puede generar relaciones de voltaje actual (I-VS) y calcular los parámetros estadísticos para una señal dada dentro del programa. Puede exportar sus datos a ASCII, archivo de texto axon (ATF) y formatos NETCDF para continuar el análisis en su paquete favorito. Los desarrolladores se crearon desde cero hasta incorporar las mejores prácticas de programación disponibles para los desarrolladores de Java, ambos en términos de usuario Interfaz de consistencia y claridad de código y reutilización. Siempre que sea posible, CESE confía en las API de Java disponibles (por ejemplo, Java2D, Javabeans, JAXP) para simplificar la creación de Código. Modelo requiere una serie de funciones de mantenimiento de la casa que se codifican �. Estos incluyen integradores de ODE, rutinas para el manejo de parámetros del modelo, ahorrando / Restauración del estado del modelo, visualizando los resultados de la simulación, etc. Cese le proporciona implementación para estas rutinas, por lo tanto, puede concentrarse en escribir el código para la (s) corriente (s) de concreto (s), y CESE manejará el resto. Cese no está tratando de crear complicado Frameworks de programación por sí solo � Más bien, utiliza las API de Java Core. Por ejemplo, los modelos son los componentes de Java que se ajustan a la especificación de Javabeans. Utilizamos XML para especificar los comandos de sujeción, y la serialización del objeto Java para guardar / restaurar los parámetros del modelo. Lo que está nuevo en esta versión: · Esta versión agrega una GUI para cambiar los tipos de parcela, mejora el rendimiento y contiene varias correcciones de errores importantes.

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