Mentalidad Mindy es un programa de dinámica molecular mínima.
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Mindy es un programa de dinámica molecular mínima. Mindy es un programa de dinámica molecular en serie muy simple derivada del código fuente de NAMD. Actualmente utiliza parámetros XPLOR y archivos de estructura. El programa está escrito en C ++ muy sencillo. InstallationunPack la distribución. Se creará un directorio llamado "Mindy". En el directorio Mindy son dos subdirectorios, "SRC" y "PRUEBA". El directorio "SRC" contiene el código fuente y un makefile para construir Mindy.Tesping "Make" dentro del directorio SRC Shoud String Mindy usando G ++. Si desea construir Mindy usando un compilador diferente o diferentes banderas de compilador, use uno de los objetivos de compilación en Makefile o agregue uno nuevo. El ejecutable se denomina Mindy_ $ Arch, donde el arco es la plataforma. De forma predeterminada, esto es "G ++". Usando la sintaxis de la línea de comandos para Mindy es: Mindy Nsteps PDBFILE PSFFILE PSFFILE PARAMFILENSTEPS Especifica cuántos momentos de puntualidad tomar. PDBFILE y PSFFILE son los archivos de coordenadas y estructura, respectivamente, del sistema que desea simular. Paramfile es el nombre de su archivo de parámetros. Tanto el archivo PSF como el parámetro deben estar en formato X-PLOR. El directorio de pruebas contiene dos conjuntos de archivos que se pueden usar como entradas para Mindy. "Alanin" es un polipéptido de 66 átomos, y "BRH" es una estructura de cristal de bacteriodopsina que contiene 3762 átomos. Ejecute alanina escribiendo Mindy 1000 alanin.pdb alanin.psf alanin.paramsat la línea de comandos.

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