Metaseq Marco para análisis integrado y trazado de chip / RIP / ARN / ARN / * DATOS SEQ
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Metaseq Clasificación y resumen

Metaseq Etiquetas

Biblioteca de Python Pitón analizador de datos rotura chip trazador de datos

Metaseq Descripción

Metaseq es un marco de Python que facilita el trabajo con una combinación de CHIP-SEQ, RNA-SEQ, ONSHING-SEQ.EX.Example. contenedores, TSS +/- 1KB) Mostrando la señal de chip-SEQ de los genes regulados por arriba a partir de un experimento de ARN-SEQ en comparación con los genes regulados a la baja, el soporte de los genes para el procesamiento paralelo, el número real es un equilibrio entre la velocidad del disco duro y el número de núcleos La señal se calcula directamente a partir de los archivos BAM de IP y entrada, y la escala al tamaño de la biblioteca normaliza los datos, ya que el resultado es una matriz adorable, es trivial, digamos, ordena por expresión génica o para tomar promedios de columna.- Genes de clúster basados ​​en La distribución espacial de los picos de Chip-Seq alrededor de sus TSS. Una matriz se puede generar utilizando la misma interfaz que para los archivos BAM, utilizando una cama o un archivo en su lugar, lo que resulta nuevamente en una matriz adorable para un análisis adicional, trama de dispersión de los resultados de DESEQ (basemeana vs basemeanb) donde los puntos se colorean de acuerdo con el número. Los picos de chip en el gen usando las funciones de devolución de llamada en matplotlib, al hacer clic en un punto puede imprimir información de genes, o incluso puede abrir una ventana que muestra una mini vista del navegador genoma de ese gráfico genético de donde los picos se encuentran dentro de los genes anotados - TSS , el sitio de Poly-A, Intron, EXON, etc. Phdese posible, las entradas son formatos estándar - Cama, GFF, GTF, BAM, SAM, los resultados de Deseq se guardan desde R, o incluso archivos de datos delimitados por pestañas arbitrarios que tienen un encabezado. Si se toma el tiempo para convertir a Bigwig o en Bigbed, el rendimiento será mejorado METHETEQ METHINS en los hombros de un cuerpo grande de los paquetes de Python existentes para proporcionar un marco flexible, intuitivo y potente. Estos paquetes incluyen: - PYSAM para analizar archivos BAM: BX-Python para acceder a los archivos Bigwig y Bigbed - MatPlotlib para una trama rápida, interactiva y extremadamente flexible para arreglos rápidos- Scikits.Aprarn para agrupar (específicamente, el minibitch k- Medios de implementación) - PybedTools, una interfaz a la suite de lecho de cama, para una "algebra del genoma" flexible y potente y manipulación de nivel de características, un marco de base de datos ligero para navegar por la jerarquía de anotaciones de genes (Exon -> Transcripción -> Gene) en Un título de formato portátil para implementar el código intensivo computacional en la adición de CIN para proporcionar el "pegamento" entre estos diversos paquetes, Metaseq también suministra el código de binning escrito en el cython y los ayudantes de paralelización de la página de inicio de los datos.

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