Murka Software para trabajar con redes medianas y Steiner árboles de alineaciones de secuencias biológicas.
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Murka Descripción

Software para trabajar con redes medianas y steiner árboles de alineaciones de secuencias biológicas. Murka es un software libre para inferir filogenías parsonísticas (es decir, árboles de costo mínimo) de alineaciones de secuencias biológicas. La teoría detrás de este software es una combinación de dos enfoques algorítmicos: la construcción de redes medianas (introducidas a principios de los 80 en álgebra y posteriormente parecía ser muy útil en filogenética) y extraer steiner árboles de gráficos. La ventaja de esta combinación es una cobertura casi completa de los árboles de costos mínimos de una alineación de origen y tolerar el rendimiento para muchos casos difíciles de resolver completamente por métodos clásicos, particularmente aquellos que trabajan con topologías. Además de los algoritmos exactos, los métodos heurísticos también están disponibles. Murka no es el primer programa en este campo. Hay al menos dos paquetes de software públicamente disponibles y gratuitos dirigidos a trabajar con redes medianas. Es Red de Ingeniería de Fluxus y AWC Specronet. Murka parece ser el primer programa de OpenSource que viene sin limitaciones de derechos de autor y se distribuye bajo LGPL. Murka incluye un solucionador de problemas de Steiner de desempeño débil, sin embargo, es capaz de resolver la mayoría de los puntos de referencia de Steinlib de tamaño mediano (de 2K-3K) en un tiempo razonable. Los formatos de archivo de entrada y salida son compatibles con los utilizados por la red Fluxus. El Steiner Solver trabaja con archivos STP. Para la visualización de las redes resultantes, elegimos el formato .dot de software de Graphviz. Murka es un software de línea de comandos probado en Linux y plataformas Windows. Actualmente se admiten dos plataformas de jardinería: X86 (IS-32) y IA-64 (Itanium2).

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