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Péptido :: PubMed es un módulo Perl que puede extraer secuencias de péptidos de los resúmenes de artículos de MEDLINE. Péptido :: PubMed es un módulo PERL que puede extraer secuencias de péptidos de un artículo de MEDLINE abstracts.synopsis use péptido :: pubmed; $ parser = péptido :: pubmed-> nuevo; $ in = {PMID => Q , Author => Q , Journal => Q , Title => q , Abstracto => q , Malla => q , químico => q ,}; $ parser-> parse_abstract ($ en); # Obtenga las secuencias de péptidos en símbolos de 1 letra (seleccione todas las palabras donde la palabra # combinada / puntaje abstracto está por encima del umbral: # wordapstscore> = wordapstscoremin): @seqs = $ parser-> get_seqs; Imprimir "@seqsn"; # Impresiones: 'Eyhhynk RGD'Examples # Igual que la anterior, ajuste el umbral explícitamente: $ parser-> wordapstscoremin (0.4); @seqs = $ parser-> get_seqs; # Establezca un umbral bajo para obtener más secuencias de péptidos (pero a un costo de obtener # más falsos positivos) $ parser-> wordabstscoremin (-1); @seqs = $ parser-> get_seqs; Imprimir "@seqsn"; # Impresiones: 'Eyhhynk RGD ACCCGTNA VEGFRI' # RESET DE UMBRAL DE RESET: $ PARSER-> WORDABSTSCOREMIN (0.4); # Obtenga más datos para el resumen: $ ABST = $ PARser-> get_abst; Imprimir "$ ABST -> {ABSTSCORE} N"; # Puntuación abstracta, en el intervalo Imprimir "$ ABST -> {ABSTMTEXT} N"; # Resumen con secuencias marcadas: # 'Secuencias de péptidos Eyhhynk y Arg-Gly-ASP, # pero no ACCCGTNA o VEGFFRI. # Obtenga más datos para las palabras, además de las secuencias de péptidos: @words = $ parser-> get_words; Para My $ Word (@words) {# Puntuación combinada de Word / Resumen, en el intervalo Imprimir "$ palabra -> {wordapstscore} n"; # palabra como se encuentra en el resumen, por ejemplo, 'arg-gly-asp,' imprimir "$ palabra -> {wordorig} n"; # Secuencia peptídica en los símbolos de 1 letra, por ejemplo, impresión 'RGD' "$ WORD -> {WordSoCence} N"; } # No hay campos de entrada obligatorios. Esto también funcionará, pero puede dar una puntuación más baja. $ in = {abstract => q ,}; $ parser-> parse_abstract ($ en); @words = $ parser-> get_words; # No se encuentran secuencias peptídicas en la entrada vacía: $ en = UNDEF; $ parser-> parse_abstract ($ in); @words = $ parser-> get_words; Requisitos: · Perl

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