Paquete de Staden
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analizador de datos secuencia montaje ADN Secuencia de ADN ensamblaje de secuencia

Paquete de Staden Descripción

El paquete Staden es un conjunto completamente desarrollado de herramientas de ensamblaje de secuencia de ADN, edición y análisis. El paquete Staden es un conjunto completamente desarrollado de ensamblaje de secuencia de ADN (GAP4), herramientas de edición y análisis (SPIN) para UNIX, Linux, MacOSX y MS Windows. En la parte frontal de GAP4 ha habido varias expulsas de unión menor en la forma en que se une a las que se unen. Se unen las uniones internas y la funcionalidad del botón de alineación en el editor Único. También de consecuencia de GAP4 son los diversos cambios en IO_LIB (Thelibrary para todas las E / S a varios formatos de archivo de seguimiento). Con la fuente de un nuevo programa Hash_EXP, ahora permite que los archivos experimenten sean recaudados e indexados. La lista del archivo de experimento Namessheuld Stile se suministrará a GAP4, pero siempre que se haya establecido el AMP_PATHVIERTEVIERiable. Las mejoras en la interfaz de usuario para esta necesidad aún por BEMADE.454 Los archivos SFF ahora son mejor compatibles. El trabajo defsult 454 IndicesNow, aunque el programa Hash_SFF se puede usar para proporcionar una estrategia de indexación anal alternativa (posiblemente más rápido en algunos casos) .GAP4 y Trev también tienen otro estilo de visualización de rastreo para las huellas que tienen 1 exploración de muestras (canales X4) por llamada base. En este caso, puede dibujar 4 valores de confianza en lugar de 1 por base. Estas habilidades permitirán una mejor integración de los trazas de Solexa cuando sean más listamente, por supuesto, por supuesto, la combinación habitual de correcciones de errores y ajustes menores. Consulte TheFull Cambiar registro para obtener más información (a través del sitio de SourceForge). Otros cambios notablesGap4 · Varias mejoras de los candidatos SNP. El "compensación de correlación" ahora es ajustable (esto controla la puntuación de correlación promedio necesaria antes de que los grupos se consideren para la fusión automática). Las llamadas de base SNP ahora funcionan generando un consenso en lugar de requerir 100% de identidad. Ahora se salta las secuencias que contienen una nota de refs. La fusión puede ser forzada hasta que el número de grupos es menor o igual a una cantidad predeterminada (NB: no suele ser ideal). Las almohadillas aleatorias ahora tienen un parámetro de "tamaño de la banda" para las alineaciones. También error fijo en varios lugares. · El antiguo mando aleatorio del editor ha sido reemplazado por almohadillas de striptease. Ahora solo elimina las columnas completas de almohadillas y no el movimiento de la almohadilla en absoluto. · El botón de Único Editor Alineará ahora lo harán mejor para manejar las alineaciones largas en datos repetidos, con la esperanza de evitar el mensaje "demasiado largo para el uso práctico de la programación dinámica" en tal casos. También ahora tiene "" botones a ambos lados del botón "alinear". Estos anclan un extremo de la alineación a la posición de superposición actual y luego solo se alinea desde ese punto hacia la izquierda o hacia la derecha. Esto ayuda a forzar una alineación para anclar en una ubicación específica que es útil al alinear los datos que consisten en múltiples elementos de repetición. · Alineaciones encontradas por la búsqueda de uniones internas ahora tienen en cuenta la puntuación de alineación además de la identidad porcentual. Esto significa que ya no se superponga a 100 pb en la identidad del 100% como una mejor superposición que una superposición de 2KB en una identidad del 99%. · La ventana de navegación ContIG ahora tiene páginas y páginas pulsadas Keybindings para la coincidencia anterior y siguiente. También tiene la capacidad de mostrar automáticamente las huellas en las regiones apropiadas que utilizan la funcionalidad de los editores de contigs "rastros de visualización automática". · La ventana "Ver lista" ahora tiene un botón Guardar.io_lib · Nuevos programas: hash_exp, hash_sff, apend_sff, extract_fastq . · Se agregaron variables de entorno de Trace_Path y EXP_PATH para usar en preferencia a Rawdata (cuando se define). · Ahora usa libcurl en lugar de wget para una recuperación de rastrea basada en web mucho más rápida.

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