Química :: MIDASPATTIN Seleccionar átomos en macromoléculas
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Seleccione átomos en macromoléculas Química :: MIDASPATTN es un módulo PERL para seleccionar átomos en macromolecules.Synopsis Use Química :: MIDASPATTIN; Usa la química :: Archivo :: PDB; # leer una molécula My $ mol = química :: macromol-> lee ("test.pdb"); # Defina un patrón que coincide con los carbones alfa y beta # en todos los residuos de Valine My $ str = ': val @ ca, cb'; My $ PATT = Química :: MIDASPATTERN-> Nuevo ($ STR); # Aplicar el patrón a la molécula $ PATT-> MATCH ($ mol); # Extraer los resultados para My $ Atom ($ Patt-> Atom_map) {printf "% s% s ", $ Atom-> attr (" pdb / residue_name "), $ Atom-> Nombre;} printf" encontrado% d átomos ", SCALAR ($ PATT-> ATOM_MAP); Este módulo implementa parcialmente un motor de coincidencia de patrón para seleccionar átomos en macromoléculos mediante patrones MIDA / CHIMERA. Consulte http://www.cmpharm.ucsf.edu/~troyer/troff2html/midas /Midas-uh-3.html#sh-2.1 Para una descripción detallada de este idioma. Este módulo comparte la misma interfaz que la química :: Patrón; Para realizar una operación de coincidencia de patrón en una molécula, siga estos pasos.1) Crea una objeto, al analizar una cadena. Asumamos que el objeto patrón se almacena en $ PATT y que la molécula es $ mol.2) Ejecuta el patrón en la molécula llamando a $ PATT-> MATCH ($ MOL) .3) Si $ Patt-> Match () devuelve VERDADERO, extraiga el "mapa" que relaciona el patrón a la molécula llamando $ PATT-> ATOM_MAP. Estos métodos devuelven una lista de los átomos en la molécula que se coinciden con el patrón. Por lo tanto, $ PATT-> ATOM_MAP (1) sería análoga a la variable especial de $ 1 utilizada para la coincidencia de expresión regular. La diferencia entre la química :: Patrón y Perl regular ex Las presiones son que los átomos siempre se capturan, y que cada átomo siempre usa una "ranura". Requisitos: · Perl

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