Rdkit ChemIfinformatics y software de aprendizaje automático
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ChemIfinformática y software de aprendizaje automático. RDKIT es una biblioteca de Python con estructuras de datos, algoritmos y scripts para la Funcionalidad Molecular General. (Texto de la molécula) • Reposición 2D (incluida la representación restringida) • Generación de 2D -> 3D a través de la geometría de distancia • Implementación de la UFF para limpiar geometrías • Huellas dactilares (Teclas de la luz del día, "MacCS", etc.) • Similitud / diversidad PickingGeneral Molecular Funcionalidad, CNTD • Subgrafo / análisis de fragmentos • Cargas de Gasteiger • Similitud basada en forma • Alineación de moléculas de molécula • Transformaciones moleculares (usando SMARTS) Funcionalidad general "QSAR" • Biblioteca de descriptores moleculares: - Topológico (κ3, Balabán J, etc.) - Estado electrotopológico (patrimonio) - CLOGP, MR - "MOE como" descriptores VSA - Otros • Aprendizaje: - agrupamiento - Árboles de decisiones, Bayes Naïve *, KNN * * Funcional, pero no una gran implementación - Embalaje, aleatorio Bosques - INFRAESTRUCTURA: • DIAJE DE DATOS • Clasificación • Clasificación fuera de la bolsa • Modelos serializables • Ptillas de enriquecimiento, proyección, etc.emp.mand Tools • ML / BuildComposite.py: Modelos de compilación • ML / Screencomposite.py: Modelos de pantalla • ML /Enrichplot.py: generar datos de la parcela de enriquecimiento • ml / analizecomposite.py: analizar modelos (niveles de descriptor) • Chem / huellas dactilares / dactilarPrintMols.PY: Generar huellas dactilares 2D • Chem / buildfragmentcatalog.py: Análisis de tipo de caso con un requisito de catálogo jerárquico : · Python ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · La estructura de directorios de la distribución se ha cambiado para facilitar la instalación de los módulos de Python RDKIT más sencillos. Específicamente, el directorio $ RDBASE / PYTHON ha sido renombrado a $ RDBASE / RDKIT y el código de Python ahora espera que $ RDBase esté en su PythonPath. Al importar módulos de Python Rdkit, ahora debe hacerlo: "desde RdKit Import Chem" en lugar de "Importar Chem". El código antiguo continuará funcionando si también agrega $ RDBASE / RDKIT a su PYTHONPATH, pero se sugiere encarecidamente que actualice sus scripts para reflejar la nueva organización. · Para los programadores de C ++: hay un cambio compatible que no está al revés en la forma en que los átomos y los enlaces se almacenan en moléculas. Consulte la sección * OTROS * para más detalles. Agradecimientos · Kirk Delisle, Noel O'Boyle, Andrew Dalke, Peter Gedeck, Armin Widmer Bug. · Manipulación incorrecta de 0s como dígitos de cierre de anillo (problemas 2525792 y 2690982) · Manejo incorrecto de átomos con HS explícito en reacciones (emisión 2540021) · SmilesMolsupplier.getItETEXT () Se bloquea (emisión 2632960) · Manejo incorrecto de separaciones de puntos en reacción Smarts (emisión 2690530) · Malas líneas de carga en bloques moles para moléculas grandes (número 2692246) · Pedido dependencia en AsignATOMCHIRTATIGSFROMESTURSURTURSURTURANTE (NÚMERO 2705543) · Pedido la dependencia en el código Pharmacophore 2D · Las fechorías de capas ahora manejan enlaces de anillos individuales no aromáticos entre los átomos aromáticos correctamente. Nuevas características · Implementación de BRICS · Morgan / Implementación circular de huellas dactilares · El código de Pharmacophore 2D ahora utiliza archivos estándar RDKIT FDEF. · Información de paridad del átomo en CTABS ahora escrito y leído. Si está presente en la lectura, las banderas de paridad del átomo se almacenan en la propiedad atómica "MOLPARITY". · Se ha agregado un argumento opcional "Deatoms" a las pares Atom y las huellas de torsión topológicas. Si se proporciona esto, solo los pares de átomos, incluidos los átomos especificados, o las torsiones que inician o terminan en los átomos especificados, se incluirán en la huella digital. · La kekulización ahora es opcional al generar CTABS. Dado que la especificación MDL sugiere que no se utilizan enlaces aromáticos, esto se destina principalmente con fines de depuración. · Se ha agregado la función de removerioquímica () (eliminación () de Python) Función para eliminar toda la información estereoquímica de una molécula. Otro · La funcionalidad GUI basada en QT3 en $ RDBASE / RDKIT / QTGUI y $ RDBASE / PROYECTOS / SDVIEW está en desuso. Todavía debería funcionar, pero se eliminará en una versión futura. Por favor, no construya nada nuevo en este marco (muy antiguo y crujido). · La función DaylightFingerprintMol () ahora está en desuso, use RDKFINGERPRINTMOL () en su lugar. · Para programadores de C ++: los métodos de Romol Getatompmap () y GetBondPMAP () se han eliminado. Las moléculas en sí mismas ahora admiten un método de operador [] () que se puede usar para convertir los iteradores del gráfico (por ejemplo, Romol: Edge_Eritator, Romol :: VERTEX_iterator, Romol :: Adjacency_iterator) a los átomos y enlaces correspondientes. Nueva API para bucle sobre los bonos de un átomo: ... Molptr es un Const Romol * ... ... ATOMPTR es un átomo const * ... Romol :: ODEDE_ITER, fin; BOOST :: TIE (BEG, EN FINAL) = MOLPTR-> Getatombonds (ATOMPTR); Mientras (BEG! = FINAL) {CONST BOND_SPTR BOND = (* MOLPTR) ; ... Haz algo con el vínculo ... ++ Boy; } Nueva API para bucle sobre los átomos de una molécula: ... Mol es un romol ... Romol :: Vtex_iter Atbegin, Atend; BOOST :: ATBE (ATBEGIN, ATEND) = MOL.GETOTRICES (); while (atbegin! = atend) {Atom_sptr at2 = mol ; ... Haz algo con el átomo ... ++ atbegin; }

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