Sistema de referencia de bioinformática El sistema de referencia de bioinformática es un sistema de referencia de bioinformática para la medición de rendimiento de la plataforma.
Descargar ahora

Sistema de referencia de bioinformática Clasificación y resumen

Sistema de referencia de bioinformática Etiquetas

sistema punto de referencia bioinformática sistema de referencia bioinformatics benchmark medición del desempeño

Sistema de referencia de bioinformática Descripción

El sistema de referencia de bioinformática es un sistema de referencia de bioinformática para la medición de rendimiento de la plataforma. El sistema de referencia de bioinformática es un intento de construir un marco, pruebas y datos de prueba razonable, para permitir que los usuarios finales y los proveedores muestren el rendimiento de sus sistemas. Lo que estamos tratando de hacer es crear un marco para las pruebas y un núcleo Conjunto de pruebas que todos pueden descargar y usar para sondear elementos específicos de rendimiento de los sistemas. Además, la fuente de estas pruebas está disponible en GPL, y se alojan en bioinformatics.org y en la idea de Informática escalable. La idea es permitir que los usuarios finales, los consumidores, Los desarrolladores de sistemas, y otros para construir y usar fácilmente pruebas significativas para las razones de medición y sintonización. El Landman de Scalable Informatics LLC concibió la idea y escribió los códigos originales. Estamos buscando sugerencias de código de referencia adicionales, pruebas, conjuntos de datos, etc. Las pruebas de línea de base son varias carreras de explosión NCBI, varias carreras de Hmmer y una variedad de otras. Planeamos incluir clustalw, x! Tandem, varias pruebas de química, dinámica y pruebas relacionadas, así como varias otras. Las pruebas, como LINPACK o HPL simplemente, no proporcionan indicadores de rendimiento significativos o modelos predictivos para la informática de alto rendimiento. Desafortunadamente, ni realiza una serie de pruebas más recientes y enfocadas. Este es un problema, ya que LinPack y HPL prueban específicamente el rendimiento en varias operaciones de matriz, donde tiene patrones de acceso de memoria de manera efectiva y operaciones matemáticas específicas. Estos códigos son más útiles para Comparación con códigos con operaciones de punto de flotación pesadas y tráfico de memoria intercalado. Estos códigos no fueron diseñados para la evaluación comparativa de sistemas integrales, donde la latencia de disco, la latencia de la memoria y otros factores contribuyen a los problemas de desempeño. Las mejores pruebas son las que son más similares a los códigos que se ejecutará en la máquina. Las pruebas en sí mismas deben ser aproximaciones razonables a una ejecución real de su código, utilizando datos reales. Es posible que deba posarlo para recuperarlo para obtener tiempos de ejecución realistas. Debe tener un subconjunto razonable de tamaños de datos. Una sola prueba no le indica cómo las escalas de su sistema y una de las razones de la existencia de esta prueba es específicamente para permitirle probar el rendimiento mientras aumenta diversos aspectos de la carga de trabajo. Rara vez obtienes un sistema de inactividad en un clúster. , por lo que recomendaríamos que intentes ejecutar en lo más realista posible un entorno operativo. Una línea de base en un sistema quiescente está bien, pero puede establecer sus expectativas irrazonablemente.

Sistema de referencia de bioinformática Software relacionado