Ssummo para asignar información taxonómica a un montón de secuencias de RRNA
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Ssummo Clasificación y resumen

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Pitón secuencias Taxis

Ssummo Descripción

Ssummo es una biblioteca de funciones diseñadas alrededor de iterativamente utilizando Hmmer para asignar secuencias a los taxis. Los resultados son árboles altamente anotados que muestran la distribución de especies / género dentro de esa comunidad. Los programas incluidos con el código fuente incluyen herramientas para: - Construir una base de datos jerárquica de modelos Hidden Markov - Dictify.py; - asignar secuencias a los nombres taxonómicos reconocidos - Ssummo.py ; - Analizar la diversidad biológica, utilizando Simpson, Shannon y otros métodos: clasificaciones de clasificación; - Visualice los resultados como cladogramas con una capacidad distinta para transferir fácilmente los conjuntos de datos - comparativos_results.py- convertir los resultados al formato PHYLOXML: DICT_TO_PHYLOXML.PY; - Construir Representación HTML - DICT_TO_HTML.PY .- Curvas de rarefacción de la trama y calcule los índices de biodiversidad correspondientes El código fuente de Python se proporciona aquí, en Google Code. La base de datos jerárquica prebuilt de HMMS, así como una base de datos optimizada de taxonomía SQL (utilizada para deducción de rangos de cada taxón) se puede descargar de: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/download/for Información de instalación, Por favor, consulte el Readme. Para obtener información sobre el uso, hay un wiki (arriba), y se ha agregado un manual de usuario preliminar a la página de inicio de SVN Tronce.Product

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