avdista Avdist es una herramienta simple para el análisis de bootstrap de las diferencias de haplotipos.
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Avdist es una herramienta simple para el análisis de bootstrap de las diferencias de haplotipos. Avdist es una herramienta simple para el análisis de bootstrap de las diferencias de haplotipo. Calcula la distancia de la hamaming entre pares de secuencias muestreadas de las secuencias de entrada y presenta la diferencia promedio y la desviación estándar de los resultados después de algunos iteraciones. Se utilizó la versión anterior de esta herramienta. Savolainen et al en Science 2003.Usage: Avdist Arguósiter El número de veces que se realiza el muestreo. Mantenga el número de secuencias en cada muestra. Debe ser menor que el número de secuencias en el archivo. Secfile Nombre del archivo con secuencias en formato GDE o FASTA simplificado. Primero, un identificador de secuencia prefijado por '#' o '>', luego una nueva línea con toda la secuencia. ¡Nota! ¡Es posible que la secuencia no envuelva en varias líneas! Antiguo número entre 1 y número de secuencias en el archivo apuntando a qué secuencia se mide la distancia. Si 0, simplemente informamos la diferencia promedio entre cualquier par de secuencias en la muestra. Opciones: -v Modo verboso. Presenta más información sobre STDERR. -m ¡No uses multiplicidad! Esto también hará que su secuencia sea muestreada independientemente de una multiplicidad cero. -El modo verboso. Presenta más información sobre STDERR. La multiplicidad, es decir, la cantidad de veces que se cuenta, de una secuencia se toma de la línea de identificación. Por ejemplo, en el siguiente archivo de secuencia,> NAME13 ACGTACGT ...> NAME250 AAGTAAGT ...> AGENTE 0 AAGTACGT ... La primera secuencia está registrada tres veces y el segundo está registrado 50 veces. Si no desea que su antigua secuencia sea muestreada, es decir, si en realidad no está en las secuencias observadas, ¡asegúrese de configurar la multiplicidad de él a cero! Ver ejemplo arriba.

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