biopy-isatab PIthon Parser para Isatab
Descargar ahora

biopy-isatab Clasificación y resumen

biopy-isatab Etiquetas

Biblioteca de Python Pitón analizador

biopy-isatab Descripción

BIOPY-ISATIB es un analizador de Python para extraer información de metadatos con formato ISA-TAB. El uso es: desde BCBIO Import Isatab Rec = Isatab.Parse (Isatab_MetAdata_Directory) El registro devuelto coincide con la estructura general de investigación / estudio / ensayo de Isatab. El objeto ISATABRECORD de nivel superior contiene información sobre la investigación, junto con la información del estudio como los objetos de IsatabstudyRecord. Cada registro tiene información de ensayo en los subdiritos de IsatabassayRecord. La salida se describe con más detalle en el módulo del analizador: //github.com/isa-tools/biopy-isatab/blob/master/bcbio/isatab/parser.pyand El directorio de pruebas contiene ejemplo de uso e información de información: https: //github.com/isa-tools/biopy-isatab/blob/master/test/test_isatab.pyyou también puede mostrar la estructura de un objeto imprimiendo: >> > Imprima ISATAB_REEC * Metadatos de registro de ISATAB: {} Estudios: * Metadatos de estudio: {'Descripción del estudio': 'células musculares esqueléticas del ratón C2C12', 'Identificador de estudio': 'SB-S-1', 'Fecha de presentación del estudio': ' 2010-10-04 '} Nodos: * Nodo C2C12 Sample3 Rep3 Nombre de la muestra Metadatos: {' Nombre de la muestra ': ,' Organismo ': } Página de inicio del producto

biopy-isatab Software relacionado