ilap Gestión, análisis y desarrollo de protocolos de laboratorio
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Gestión, análisis y desarrollo de protocolos de datos de laboratorio. Tanto la microscopía cuantitativa como el alto rendimiento se enfrentan a los científicos con el desafío desalentador de almacenar datos heterogéneos de forma estructurada y organizada. Entre las soluciones de gestión de datos disponibles, no existe un sistema de uso intuitivo que cubra el flujo de trabajo completo de los experimentos de microscopía. Por lo tanto, hemos desarrollado la aplicación web ILAP (gestión de datos de laboratorio, análisis y desarrollo de protocolos) que combina el desarrollo de protocolos experimentales, la adquisición de datos basada en el asistente y el análisis de datos de alto rendimiento en un solo sistema integrado. Una característica única del software ILAP es Que apoye la fase de diseño experimental. Los protocolos de trabajo que se desarrollan científicos para experimentos de laboratorio húmedos se pueden almacenar y modificar dentro de ILAP. Eventualmente, estos protocolos conducen a la adquisición de datos de imágenes. Luego, ILAP proporciona un asistente de adquisición de datos para ayudar al científico en asociar los datos de imagen adquiridos con pasos en el protocolo. Las iniciativas de estandarización, como Misfishie para la hibridación in situ de fluorescencia de ADN, se pueden respaldar al hacer cumplir la entrada de los parámetros requeridos durante esta adquisición de datos. El procesamiento y el análisis adicionales de los datos de imagen en bruto se pueden realizar con módulos de análisis desarrollados específicamente dentro de ILAP o con programas externos de terceros. Las observaciones visuales interesantes se pueden documentar como notas en cualquier lugar. Nos hemos realizado ILAP como una aplicación de negocios estándar de tres niveles utilizando las tecnologías de software Jee Jee (Platform Platform, Enterprise Edition 5). Debido a esta arquitectura de software flexible, pudimos desarrollar una interfaz web intuitiva, así como una interfaz de programación basada en SOAP (Protocolo de acceso simple). Esta interfaz de programación independiente de la plataforma permite aplicaciones de procesamiento de imágenes externas como ImageJ para acceder a los archivos almacenados en ILAP. Las tareas computacionalmente intensivas como la deconvolución tridimensional de las pilas de imágenes se distribuyen de forma transparente en la infraestructura de computación de alto rendimiento, y los resultados se almacenan dentro del sistema de gestión de bases de datos relacionales subyacentes. Estos resultados están asociados automáticamente con los datos de experimentos originales. Para facilitar la facilidad de uso, esta complejidad de la gestión de datos y la infraestructura de TI está completamente oculta del usuario.Ilap es un proyecto de código abierto que está disponible gratuitamente para la comunidad de microscopía. Se ha probado extensamente en nuestras instalaciones de microscopía interna y la retroalimentación continua del usuario ha llevado a mejoras en la funcionalidad, la facilidad de uso y la capacidad de respuesta. Una virtud distintiva de ILAP es que conduce inherentemente al registro estructurado de experimentos, conservando el contexto experimental completo de los registros de datos a lo largo de la historia del proyecto de investigación. Requisitos: · Java 2 Edición estándar Medio de ejecución ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Mejora de la usabilidad y la corrección de errores. · Matriz de vista previa para todos los archivos adjuntos a los experimentos, proyectos y pasos de análisis. · BigPreview para archivos en ventana emergente · Comparación de protocolos. · Error crítico fijo en el genoma de utilidad.

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