mpiblast MPIBLAST es una implementación paralela basada en MPI de BLAST NCBI.
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mpiblast Descripción

MPIBLAST es una implementación paralela basada en MPI de BLAST NCBI. MPIBLAST es una implementación paralela basada en MPI de BLAST NCBI. El proyecto consiste en un par de programas que reemplazan a FormatDB y Blastall con versiones que ejecutan trabajos de explosión en paralelo en un grupo de computadoras con MPI instalado. Hay dos ventajas principales para usar MPIBLAST VERSUS BLAST.FIRST, MPIBLAST divide la base de datos a través de cada nodo en el clúster. Debido a que el segmento de cada nodo de la base de datos es más pequeño, generalmente puede residir en el caché de búfer, produciendo una velocidad significativa debido a la eliminación del disco E / S. En segundo lugar, permite que los usuarios de Blast se aprovechen de grupos de beowulf eficientes y de bajo costo debido a que las demandas de comunicación de interprocesador son low.mpiBlasts logra una velocidad súper lineal en situaciones donde la base de datos es demasiado grande para caber en la RAM, y cerca de la aceleración lineal en otras situaciones . No requiere un clúster dedicado. Requisiciones: · MPIBLAST requiere que se instale una implementación de MPI. Dos implementaciones gratuitas son: · MPICH - http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/ · lam / mpi - http://www.lam-mpi.org · En sus configuraciones más comunes, MPIBlast también requiere que las computadoras tienen algún directorio de almacenamiento compartido. Esto puede ser un montaje NFS, Samba Share, AFS o cualquier otro tipo de sistema de archivos de red compartido. La ubicación del directorio compartido debe especificarse en el archivo de configuración ~ / .ncbirc. · Para construir MPIBLAST desde la fuente, también deberá compilar una versión coincidente de la caja de herramientas NCBI, disponible en ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/limitations :; Se puede crear un máximo de 250 fragmentos de base de datos por MPIFFFIFFAT en la mayoría de los sistemas · Las pequeñas diferencias en el valor E entre NCBI Blast y MPIBlast pueden existir debido a la inestabilidad numérica en el procesamiento de resultados. La mayoría de los resultados no se ven afectados. Lo nuevo en 1.4.0-PIO STEBLE Release: · Esta versión agrega en paralelo I / O.¿Qué la nueva versión de desarrollo de 1.5.0 beta 1: · Mejoras variadas y correcciones de errores. · Dependencias actualizadas en el kit de herramientas NCBI.

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