nebseq Manipulaciones básicas de secuencia biológica
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Manipulaciones básicas de secuencia biológica. NEBSEQ es un módulo de Python para manipulaciones básicas de secuencia biológica. Importable como de costumbre >>> Importar Nebseqreverse complemento. Nota únicamente. Aquí es que REVCOMP no verifica la secuencia de entrada para ver si parece ADN o ARN. >>> Nebseq.RevComp ('ACGT') 'ACGT' >>> nebseq.revcomp ('ttacc') 'ggtaa'and Si le damos basura, simplemente nos da la basura. >>> nebseq.revcomp ('zq') 'qz'translation La función de traducción debe permitir el soporte completo de la traducción de secuencia. Esto incluye cosas como cortar las primeras bases de pareja y usar tablas alternativas de traducción. También hay soporte para las modificaciones más esotéricas después de la traducción que se pueden encontrar en algunos archivos de GenBank, así como traducir péptidos parciales (para cosas como coordenadas difusas). TraducciónBasic Traducción: >>> nebseq.translate ('ttggccaaggaacga', tabla = 11 ) 'Maker'Showing los efectos de una traducción parcial peptídica. De forma predeterminada, el primer codón debe ser un codón de inicio de acuerdo con la tabla de traducción seleccionada, si no se convierte en un 'x' >>> nebseq.translate ('gccaag') 'xk' >>> nebseq.translate ('gccaag ', parcial = verdadero)' Ak'or Podemos eliminar el primer par de bases para las coordenadas difusas. >>> nebseq.translate ('ttgccaag', inicio = 2, parcial = true) 'Ak'modifications se especifican como un (índice, amino_acid) dos tuplas. Observe que los índices de modificación se especifican como índices basados ​​en la secuencia de aminoácidos. >>> Nebseq.Translate ('Atgaaggaa', modificaciones = ) La extracción de mue'extraction posea es para cuando desea cortar parte de una secuencia más grande. Esto es útil si utiliza el módulo NEBGB y su definición de ubicaciones analizadas de cadenas como unirse (1..5,9..100). >>> Ubicación = {'tipo': 'span', 'de': 4, 'a': 10} >>> nebseq.extract ('accgtaccatagttt', ubicación) ('gtaccat', (falso, falso)) >>> ubicación = {... "tipo": "complemento", ... "Segmento": {... "tipo": "Únase a", ... "Segmentos": ... } ...} >>> nebseq.extract ('accgtatttcggggggacat', ubicación) ('CCCCGATAACG', (falso, falso)) Requisitos: · Python

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