pyfona Acceso pythonic a archivos de secuencia FASTA
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Acceso Pythonic a archivos de secuencia FASTA PyFasta es una biblioteca que ofrece acceso Pythonic a archivos de secuencia FASTA.USAGE: .. SourceCode :: Python >>> de PyFasta Import FastA >>> F = FASTA ('Pruebas / datos / tres_chrs.fasta') >>> ordenada (F.Keys ()) >>> f Fastagz ('Pruebas / datos / tres_chrs.fasta.gz', 0..80) >>> F 'ACTGACTGAC' # El índice almacena el inicio y la parada de cada encabezado del archivo FASTA >>> F.Index {'Chr3': (160, 3760), 'Chr2': (80, 160), 'Chr1': (0, 80 } # # puede consultar por un diccionario de 'característica' >>> F.Esquence ({'Chr': 'Chr1', 'Start': 2, 'Stop': 9}) 'Ctgactga' # con complemento inverso para - Strand >>> F.Esquence ({'Chr': 'Chr1', 'Start': 2, 'Stop': 9, 'Strand': '-'}) 'tcagtcag' # crea un .gz y un pepinillo .gdx De la FASTA y el índice. >>> OS OS >>> ordenada (OS.LISTDIR ('PRUEBAS / DATOS /')) # Limpieza (aunque para uso real Estos permanecerán para un acceso más rápido) >>> os.unlink ('pruebas / datos / tres_chrs.fasta.gdx') >>> OS.UnLINK ('Pruebas / datos / tres_chrs.fastA.gz') Requisitos: · Python ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · ¡No vuelva a aplanar el archivo cada vez! · Permitir espacios antes y después del encabezado en la FASTA orginal.

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