Abacas Contiguación automática a base algorítmica de secuencias de escopeta ensambladas
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Contiguación automática a base algorítmica de secuencias de escopeta ensambladas. Abacas que tiene la intención de contiguar rápidamente (alinear, ordenar, orientar), diseñar y visualizar los cebadores para cerrar las brechas en las contadses ensambladas de escopeta en función de una secuencia de referencia. LasBacas usan Mummer para encontrar las posiciones de alineación e identificar los sintetizados de contigs ensamblados contra la referencia. La salida Luego se procesa para generar una pseudomolécula para tomar contigs y espacios superpuestos para tener en cuenta. Abacas genera un archivo de comparación que se puede usar para visualizar contigs ordenados y orientados en la Ley Artemis. Synteny está representado por barras rojas donde la intensidad de color disminuye con valores más bajos de porcentaje de identidad entre bloques comparables. La información sobre contigs, como la orientación, la identidad del porcentaje, la cobertura y la superposición con otros contigs, también se pueden visualizar al cargar el archivo de funciones de salida en el acto. Requisitos: · Mummer · Ley Artemis (opcional) ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Esta es la última versión de Abacas.

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