Apb Software para evaluar las propiedades electrostáticas de los sistemas biomoleculares de nanoescala
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evaluar evaluador Interacción electrostática electrostático

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Software para evaluar las propiedades electrostáticas de los sistemas biomoleculares de nanoescala. APBS es un paquete de software para la solución numérica de la ecuación de Poisson-Boltzmann (PBE), uno de los modelos continuos más populares para describir las interacciones electrostáticas entre los solutos moleculares en medios acuosos de medios acuosos. La meta de PBS es evaluar de manera eficiente las propiedades electrostáticas para tales simulaciones A una amplia gama de escamas de longitud para hacer posible la investigación de las moléculas con decenas a millones de áticos. El electrostática enontinuum desempeña un papel importante en varias áreas de simulación biomolecular, que incluyen: - simulación de procesos difusionales para determinar la proteína y la proteína del ligando. -protein vinculante cinética, - dinámica molecular disolvente implícita de las biomoléculas, - cálculos de solvación y energía de unión para determinar las constantes de unión a la proteína de la proteína y la proteína proteína y la ayuda en el diseño racional de medicamentos, y los estudios de titulación biomolecular. Nota: APBS tiene licencia y Distribuido bajo los términos de la licencia BSD y la licencia MIT. ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: NUEVAS CARACTERÍSTICAS: · Guía del usuario de APBS movido y tutorial a MediaWiki · Agregado en soporte para OpenMPI para cálculos paralelos · Añadido en el soporte de línea de comandos para envíos de trabajo Opal (código por SAMIR UNNI) · PathName permitido que contiene espacios en el archivo de entrada, siempre y cuando todo el nombre de la ruta esté en las cotizaciones ("") · Documentado 'Hacer prueba' y características relacionadas Modificaciones: · Modificó la función BCCALC a marchar a través de la matriz de datos linealmente al establecer condiciones de límite. Esto elimina la duplicación de puntos de cuadrícula en el borde de la matriz y las esquinas. · Documentación aclarada sobre las ID asignadas a los mapas de entrada, PQRS, archivos de parámetros, etc. · Tutorial actualizado para advertir contra espacios en la ruta de directorio de trabajo de APBS en VMD; Guía de usuario actualizada para advertir contra espacios en la ruta de instalación de APBS en Windows · 'Hacer prueba' se ha reconfigurado para ejecutar antes de emitir instalar (se puede ejecutar desde el directorio superior) · Herramientas / visualización / VMD eliminadas del directorio Herramientas en lugar de soporte incorporado en VMD · Las longitudes de la ruta ahora pueden ser mayores de 80 caracteres · Lista de autoría expandida · Añadido en 'Make Test-opal' como una prueba posterior a la instalación (Ejecute desde el directorio de Ejemplos de instalación) · Se agregaron concentraciones adicionales al caso de prueba de proteína ARN para abarcar mejor las condiciones experimentales utilizadas por García-García y Draper; Esto mejora el acuerdo con los datos publicados. CORRECCIÓN DE ERRORES: · Typos fijos en la Guía del usuario (palabra clave ION) y SMPBE aclarado el uso de la palabra clave · Typo fijo en la Guía del usuario (Writemat: Poising -> Poisson) · Actualizado psize.py con el parche de Robert para solucionar la asignación inconsistente de los números de cuadrícula fina en algunos (muy) casos raros · Error fijo con la asignación de condición de límite. Esto podría afectar potencialmente todos los cálculos; Sin embargo, probablemente tenga un impacto limitado: muchos casos de prueba dieron resultados idénticos después de la solución de errores; El mayor cambio en el valor fue <0.07%.

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