Arroyo Un marco para modelar la regulación transcripcional utilizando modelos termodinámicos estáticos
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Arroyo Descripción

Un marco para modelar la regulación transcripcional utilizando modelos termodinámicos estáticos. El nombre de la aplicación Stream Java es una abreviatura del siguiente nombre largo: modelo regulatorio termodinámico estático de transcripción. En resumen, Stream es una aplicación bioinformática para los investigadores, que desean modelar la regulación transcripcional de un gen específico y predecir su producción de transcripción en diferentes situaciones. Stream es el primer marco disponible públicamente para modelar, visualizar y predecir la regulación de la transcripción. Tasa de un gen objetivo. Entrensión de la regulación transcripcional de un gen en detalle es un paso crucial hacia el descubierto y, en última instancia, utilizando la gramática regulatoria del genoma. El modelado de la regulación transcripcional que utiliza ecuaciones termodinámicas se ha convertido en un enfoque cada vez más importante hacia este objetivo. Antes de que la concentración de un conjunto de factores de transcripción, así como los sitios de unión al factor de transcripción en una región de ADN regulatoria y la concentración del gen objetivo, la corriente optimizará su Parámetros para generar un modelo que mejor se adapte a los datos de entrada. Este modelo capacitado se puede usar para: · Validar que el conjunto dado de TFS pueda regular el gen objetivo y, predecir la tasa de transcripción en condiciones diferentes (por ejemplo, tejidos diferentes, eliminatorios / tfs adicionales o tfbs mutados / desaparecidos). Requisitos: · Java

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