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Le permite analizar y visualizar los datos de secuenciación de próxima generación. CLC Genomics Workbench Nuestra nueva solución para analizar y visualizar datos de secuenciación de próxima generación. CLC Genomics Workbench incorpora tecnología de vanguardia y algoritmos, al mismo tiempo que respalda e integrando con el resto de su típico workflow.clc genomics workbench es muy rápido y le permite hacer un conjunto de referencia de genomas de cualquier tamaño, el único límite es la cantidad de RAM en la máquina ejecutando el software. CLC Genomics Workbench también puede admitir la detección SNP, el ensamblaje de Novo y una gran cantidad de análisis descendente. Aquí hay algunas características clave de "CLC Genomics Workbench": · Asamblea de Novo de Sanger, 454, Analizador de genomas de Illumina, Helicos y datos sólidos. · Montaje de referencia de Sanger, 454, analizador de genoma de Illumina, Helicos y datos de secuenciación sólida. · Asamblea de referencia de conjuntos de datos mixtos (por ejemplo, analizador del genoma de Illumina). · Asamblea de referencia de genomas de cualquier tamaño. · Montaje de datos de lectura estándar y soporte para el ensamblaje de lecturas de extremo emparejado / pareja de pareja lee cualquier tecnología de secuenciación. · Herramientas gráficas avanzadas para la detección de mutaciones y reordenamientos a gran escala. · Lecturas individuales: cobertura y conflictos. · Señelas de extremos emparejados - Visión general gráfica. · Lecturas de extremos emparejados: inserciones y eliminaciones. · Lecturas de extremos emparejados: duplicaciones e inversiones. · Soporte para la secuenciación multiplex por nombre de archivo. · Soporte para la secuenciación multiplex por etiqueta específica de la muestra. · Enmascaramiento del conjunto de referencia basado en anotaciones como E.G. exones · Integración con las soluciones informáticas de alto rendimiento de CLC BIO, haciendo que los ensamblajes sean muy rápidos. · Visualización interactiva y de zoom de los ensamblajes del genoma, incluidas las lecturas de secuenciación, los datos de calidad y las secuencias de referencia. Integración completa de los espectadores con los análisis descendentes. · Informes de calidad y estadísticas sobre datos en bruto. · Este asistente se utiliza para manejar los datos de secuencia etiquetados paralelos. El uso de muestras etiquetadas puede aumentar drásticamente la secuenciación de la secuenciación de los secuenciadores de próxima generación . El análisis de esta muestra de datos mixtos se realiza por la mesa de trabajo genómica. · Matthias Meyer, Udo Stenzel y Michael Hofreiter, "Secuenciación en paralelo etiquetado en la plataforma 454", Protocolos naturales 3, - 267 - 278 (2008) · Este asistente se utiliza para manejar los datos de secuencia etiquetados paralelos. · Filtrado y recorte de lecturas. · Detección avanzada SNP. · Informes SNP. · Soporte para la integración con la base de datos CLC BioInformatics. Requisitos: · RAM 256 MB requerido. · 2 GB RAM recomendado. · 1024 x 768 Visualización recomendada. · La visualización 3D requiere un controlador de gráficos 3D OpenGL 3D (incluido con casi todas las tarjetas gráficas). · Montaje y análisis de genomas de hasta 10 mega bases: 2 GB RAM requerido; 4 GB RAM recomendado. · Montaje y análisis de genomas más grandes: 2 GB RAM requerido; 8 GB RAM recomendado. · Sistema de computadora y operación de 64 bits recomendado para más de 2 GB RAM. Limitaciones: · Período de prueba de 30 días. ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Alineación global para lecturas largas al ejecutar el algoritmo de ensamblaje de referencia · Alineación de espacio de color GAPPED al ejecutar el ensamblaje de referencia · Mejora significativamente de velocidad de todas las operaciones con grandes conjuntos de datos. Análisis de ARN-SEQ: · Optimización del rendimiento: una ejecución de 44 mio lee contra el genoma del mouse ahora toma 32 minutos en una computadora de ocho núcleos con RAM de 32 GB. Esto solía ser más de dos horas. Con la versión anterior, se crearon y eliminaron muchos archivos temporales pequeños, y esto tardó mucho tiempo e impactó la capacidad de respuesta general del comuptor. En comparación, solo se crea una pequeña fracción de archivos temporales con la nueva versión. · Nueva opción para especificar el mínimo requerido Exon-superposición de lecturas que abarcan una unión de Exon-Exon. Lee mas... · Nuevo informe RNA-SEQ que proporciona una visión general estadística del proceso de ensamblaje. Lee mas... · La tabla de resultados ahora reporta el número de lecturas de EXON-EXON EXON-EXON-EXON-EXON-EXCON LEADS. · La tabla de resultados ahora informa la ubicación cromosómica de los genes. Lee mas... · Visualización de lecturas que abarcan uniones de exón-exón. Lee mas... · Lea el mapeo igualmente bien a Intron-EXON y los límites de Exon-EXON ahora se identifican como lecturas únicas de expansión de Exon-Exon. · RPKM está mejor definido en el manual del usuario. Lee mas... · La configuración predeterminada para los hits múltiples es ahora 10 como en el papel de Mortazavi Leer más ... · Las lecturas muy cortas ahora están montadas que permiten más desajustes. Análisis de la expresión: · Parcelas de volcán: ahora puede elegir los valores para trazar en el eje X. Elija entre "diferencia" y "cambio de pliegue". Lee mas... · La vista de tabla de las parcelas de barras muestra los mismos intervalos que se muestran en la parcela de la barra. · Importador genérico para datos de expresión de expresión en formato tabular. Lee mas... · Importador genérico para los datos de anotación de experimentos de expresión en formato tabular. Lee mas... · Los archivos de ontología GENE (IR) ahora se pueden usar para anotar un experimento de expresión. Lee mas... · Profilado de la etiqueta: ya no se le permite anotar muestras de etiquetas, solo experimentos · El panel lateral de la tabla de experimentos se ha vuelto a organizar para proporcionar una mejor visión general. Lee mas... Importar datos de secuenciación de alto rendimiento: · Herramienta de importación movida de la caja de herramientas al menú de archivos y la barra de herramientas. Lee mas.. · Importar y exportar el formato de alineación SAM. Lee mas... · Importación de datos de alineación en formato delimitado por pestañas, incluido el formato de alineación Eland. Lee mas... · Importación de formato de archivo de illumina qseq. Lee mas... · Enlazador en 454 datos también se encuentran para coincidencias no perfectas Leer más ... Visualización mejorada de contigs: · Ahora se muestran los nucleótidos sin alineados en el interior de las lecturas de extremo pareado. · Las lecturas de extremo pareado tienen una sola línea que conecta el par en lugar de las brechas · Las manijas de arrastre para mover el borde alineado / no alineado solo se muestran cuando puede ver las bases de las lecturas. Esto significa que debe haber zoomizado a niveles de compactura al 100% o más y elegidos "No compacto" o "bajo". De lo contrario, los mangos para el arrastre no están disponibles (esto se hace para hacer que la descripción visual sea más simple). Lee mas.... · Es posible mostrar pares que se superponen. · Las lecturas no ensambladas de un ensamblaje ahora conservan su estado de extremo pareado (esto también significa que puede obtener dos listas, una con pares y una con el resto de los pares rotos · La tabla de salida de detección SNP ahora informa si existen múltiples SNP sin sinónimos en el mismo codón · Detalle de detección SNP: el filtrado de calidad ya no está deshabilitado cuando faltan las puntuaciones de calidad. Debido a los problemas de rendimiento, no es posible verificar si hay puntajes de calidad. La detección SNP solo omitirá el filtrado de puntaje de calidad si las puntuaciones de calidad no están presentes. · Detección SNP: posible detectar variantes con frecuencia menos del 1 por ciento. · El informe Contig Ahora incluye información sobre la cobertura tanto para las regiones cubiertas como para toda referencia. Lee mas... · La secuencia de consenso de apertura, incluidas las brechas, también pondrá NS antes de que comience la secuencia de consenso y después de que termine. · La funcionalidad de recorte ahora incluye la opción de recortar un número predefinido de nucleótidos desde cualquier extremo de una lectura. Lee mas... · Gateway Cloning. Soporte simple y fácil de usar para crear clones de entrada y expresión de pasarela. Lee mas... · Búsqueda de coincidencias entre todos sus cebadores guardados. La herramienta Buscar sitios de enlace se ha mejorado en gran medida para que ahora le permita buscar entre todos sus cebadores. Además, también obtiene una salida tabular de los sitios de unión y posibles fragmentos. Lee mas... · En Silico PCR: cree un producto de PCR basado en el par de cebadores y la secuencia de plantillas (incluidas las extensiones de imprimación). Como parte de los sitios de encuadernación de búsqueda mejorada y cree una herramienta de fragmentos, puede extraer el producto de PCR de la lista de fragmentos a través de un menú del botón derecho. Lee mas... · Compruebe la especificidad del cebador. Como parte de los sitios de encuadernación de búsqueda mejorada y crea una herramienta de fragmentos, puede buscar con un par de cebadores en una lista de secuencias de destino potenciales y consulte una tabla de resumen de sitios de encuadernación y desajustes, así como los potenciales fragmentos de PCR. Lee mas... Despliegue: · Puede establecer una ruta a la ubicación de datos predeterminada utilizada cuando se inicia el banco de trabajo por primera vez. Esta es una característica para ayudar a los administradores del sistema a controlar dónde las nuevas instalaciones por predeterminado guardan sus datos. Lee mas... · Soporte para eliminar herramientas que acceden a Internet (NCBI BLAST, Notificaciones de actualización, etc.). Lee mas... Importación general y exportación: · Soporte para la importación de regiones complejas de los archivos GFF · Exportar tablas e informes en formato Excel. · Sección de importación del manual del usuario reestructurado para proporcionar una mejor visión general Leer más .... Los importadores de datos de expresión ahora se describen en detalles técnicos en una sección separada. Leer más ... · Ahora puede exportar múltiples listas de secuencias en formato FASTA · Ahora se admite la importación forzada de archivos ZIP (forzará a importar los contenidos del archivo zip) · La importación estándar ahora acepta archivos GZIP y TAR, así como con cremallera. · Si una importación forzada falla, habrá información más técnica sobre lo que salió mal, lo que le permitirá identificar el mal formato de los archivos de importación · Tanto GenBank como GFF Importer ahora hacen varios intentos de nombrar genes que no tienen un nombre genético. Intentará iterativamente los siguientes calificadores: "Producto", "locus_tag", "protein_id" y "transcript_id" · Al importar archivos GenBank donde la longitud indicada no coincide con la secuencia real, se muestra una advertencia, pero se acepta la secuencia. · Al exportar en formato CSV, las configuraciones de la configuración regional se utilizan para determinar si la coma o los semisolones se deben usar como delimitador (coma utilizada para los locales estadounidenses) · El complemento GFF se ha actualizado para aceptar anotaciones complejas Diverso: · Retroceso avanzado de anotaciones utilizando la tabla de anotación. Lee mas... · Informes mejorados de situaciones cuando un disco completo evita que se ahorre datos. · La descarga de secuencias usando arrastrar y soltar de la tabla de búsqueda ya no crea un nodo de "descarga ..." en la carpeta. El proceso de descarga se puede monitorear en la pestaña Procesos. · El diseño de imprimación ahora es compatible con fragmentos de PCR a más de 5000 pb. · Extraer secuencias movidas de archivo Manu a Toolbox-> Análisis de secuencia general. Lee mas... · Mejores comentarios de progreso en varios diálogos. Corrección de errores: · Problema con el orden de los genes al configurar los experimentos de ARN-SEQ. Si el orden de las secuencias de entrada no era lo mismo para todas las muestras, el experimento estaría incorrecto. · Orientación incorrecta de datos de pareja sólida. · Problema fijo con el nombramiento de las pestañas. La solución significa que, en Windows y Linux Datos no guardados ahora obtienen un * en lugar de hacer el nombre de la pestaña en negrita y cursiva. (Esto siempre ha sido el comportamiento en Mac OS X). · Problema fijo que muestra la etiqueta "Copiar ..." al copiar datos y luego actualizar la carpeta · Etiqueta engañosa cuando el ensamblaje se lee más corto que 15 pb. Ahora dice que estas lecturas serán ignoradas en el montaje.

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