CORREA Un programa Java fácil de usar que alinea las proteínas por secuencia y estructura 3D
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proteína alinear Biología Alinear proteínas secuencia de ARNm Anotación de proteínas

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Un programa Java fácil de usar que alinea las proteínas por secuencia y estructura 3D La correa es un programa multiplataforma que admite el análisis simultáneo de cientos de proteínas e integra la secuencia de aminoácidos, la estructura 3D y la secuencia genómica y del ARNm, la estructura secundaria y la anotación de residuos. La alineación se puede exportar y modificar en MS-Word u otros procesadores de texto El tutorial incluido enseñará el uso de la correa en tan solo una hora. La capacidad de guión y la extensión hacen que la correa sea una herramienta muy poderosa para los usuarios más avanzados. Aquí hay algunas características clave de "Strap": · Cálculo de alineaciones de secuencia. · Cálculo de wiki: superposiciones 3D (salida de ejemplo) y alineaciones múltiples basadas en estructura de proteínas con PubMed: TM-align o CE o Gangsta + 3D-superposición. Alineaciones combinadas de estructura de secuencia. · Visualización 3D usando Wiki: Pymol o Wiki: JMOL o RASMOL y VMD. En preparación: YASARA Destacando mutaciones, Wiki: SNPS, Wiki: Límites o regiones de exón-intron con conservación de alta secuencia en 3D. Selección cruzada instantánea entre objetos 3D, secuencias y alineaciones. · Wiki: Blast Búsqueda que incluye "Alerta de explosión" · Predicción: Wiki: TransmemBrane Helices, Wiki: estructuras secundarias y wiki: bobina enrollada · Traducción de secuencias de nucleótidos a secuencias de aminoácidos. Salida de alineaciones de aminoácidos como alineaciones de nucleótidos. · Formatos de archivo de proteínas: Wiki: Swissprot, Wiki: PDB, Wiki: FASTA, MSF, BIOWIKI: Estocolmo, Wiki: Clustalw, Wiki: Nexus, HSSP Wiki: GenBank, EMBL · Árboles filogenéticos con ATV, Wiki: Jalview y Genebee · Anotaciones de residuos y anotaciones de nucleótidos. Destacando Wiki: Expresiones regulares (I.E. Patrones Prosite) Usando Wiki: Búsqueda incremental y Wiki: Características de la secuencia de Wiki: DAS Servidores: Ayudando alineaciones de secuencia difícil debido a la baja similitud de secuencia por: · 3D-superposición de átomos C-alfa utilizando CE y TM-alinear para resaltar residuos equivalentes espaciales · Gráfica de puntos · Secuencias intermedias · Alineamientos de secuencias mixtas y alineaciones de estructura de proteínas. · Wiki: Los complementos son extensiones para correa de desarrolladores de terceros. Requisitos: · Java · Compiladores para Objective-C y Fortran.

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