Cloner serial proporciona herramientas con una interfaz intuitiva que lo ayuda a la clonación de ADN, análisis de secuencias y visualización
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Cloner serial Clasificación y resumen

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Cloner serial Descripción

Proporciona herramientas con una interfaz intuitiva que le ayuda en la clonación de ADN, análisis de secuencias y la visualización Serial Cloner es un software de biología molecular que proporciona herramientas con una interfaz intuitiva para asistencias que en la clonación de ADN, análisis de secuencias y visualization.Serial Cloner ahora maneja Características / Anotaciones, que ha sido la mejora más solicitada. El usuario puede anotar cualquier parte de la secuencia o utilizar la búsqueda automática para detectar común features.Serial Cloner puede leer y escribir archivos compatibles con ADN Strider y también importar o exportar archivos en formato FASTA. Otra novedad de esta versión es la posibilidad de leer los archivos APE y VectorNTI con sus características, así como las secuencias pDRAW32. archivos GenBank / EMBL también se pueden importar o leen desde Internet a través de la web incluida interface.Powerful visualización gráfica de las herramientas e interfaces simples ayudan a los pasos de análisis y construcción de una manera muy intuitiva. Todas las herramientas que necesitan para analizar y manipular sus secuencias están disponibles en un concepto todo-en-uno-ventana. Todas las funciones de las teclas son accesibles a través de un compacto interface.Serial Cloner también le permite crear texto mapa de restricción y rápidamente el formato a añadir la traducción de múltiples cuadros o sólo muestran cortadores individuales, por ejemplo. El mapa gráfico de Serial Cloner es muy gráfica como se puede fácilmente seleccionar y extraer una característica, un fragmento o mostrar cortador de simple, doble o múltiple en el mismo window.Serial Cloner le ayudará en el establecimiento de nuevos proyectos sub-clonación y en la preparación de las versiones electrónicas de sus constructos. Además de los mapas de restricción clásicas - tanto gráfica y de texto basados ​​en - o ventanas de uso del sitio, usted será capaz de configurar rápidamente una amplificación basada en PCR o preparar adaptadores sintéticos. construcciones shRNA basados ​​en andamios predefinidos son también automated.You puede ensamblar fragmentos, obtenidos por PCR, adaptador / shRNA síntesis o simplemente seleccionando gráficamente fragmentos entre los sitios de restricción. Sólo tienes que seleccionar, romo si es necesario, y haga clic en la interfaz adicional Ligar button.An permite una fácil clonación Gateway para ambas reacciones BP y LR. Finalmente, Serial Cloner proporciona una interfaz para alinear dos secuencias utilizando un algoritmo local o el servidor BLAST2Seq NCBI y extraer un consenso un cortador virtual, un navegador Web con importación instante de entradas NCBI / EMBL y un mapa de restricción silencioso generator.Serial Cloner también permite a preparar rápidamente texto o archivos con formato FASTA para enviar una solicitud de múltiples alineación de Clustal. ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Serial Cloner ahora maneja Características / Anotaciones. Características se pueden agregar manualmente o por barrido (ver abajo). · Un nuevo panel en la ventana Secuencia de administrar las características / Anotaciones · Una función de exploración (disponible tanto en la secuencia de la ventana y en la barra de herramientas) para detectar automáticamente Características. Por el momento, se utiliza una base de datos interna. La próxima versión de Serial Cloner permitirá definir listas de usuarios. · exploración automática directamente en el mapa gráfico (disponible en la barra de herramientas o en el menú) · añadir una característica después de la selección de un segmento en el mapa gráfico. · La selección de la secuencia característica de la ventana Secuencia al hacer doble clic en el nombre de la función en el mapa gráfico. · Montar y guardar un archivo con formato-Fasta multi-secuencia que contiene todas las secuencias actualmente abierto (útil para la alineación de múltiples secuencia (por ejemplo CLUSTAL) presentación) · Ensamble y copiar al portapapeles un texto con formato-Fasta multi-secuencia que contiene todas las secuencias actualmente abierto (útil para la alineación de múltiples secuencia (por ejemplo CLUSTAL) presentación) · La recuperación automática de secuencias sin guardar en caso (esperemos raro) de estrellarse. · Desplazamiento en secuencias y mapa ventanas gráficas utilizando rueda del ratón. · El usuario puede modificar el ancho de la ventana de mapa gráfico · El tamaño del fragmento seleccionado se muestra ahora en el mapa gráfico · Arrastre y reposicionar los sitios de restricción y cuenta con nombres en el mapa gráfico. · Serial Cloner ahora trata de adivinar si se abre un archivo de secuencia degenerada. · secuencias de importación Vector NTI con sus características. · Importación ApE secuencias con sus características. · Importación Genbank secuencias (de un archivo) con sus características. · Varios de acceso directo se han añadido para las funciones principales (importación, secuencia degenerada, etc.) · Use Alt-Haga clic para revelar comandos alternativos ahora disponibles en la barra de herramientas (nueva secuencia degenerada, importación, uso del sitio interactivo). · Detección automática de proxy de Internet utilizando la configuración del sistema (parece no funcionar si está utilizando un archivo .PAC en MacOSX). · MacOSX : un proxy de Windows (pequeño punto negro que se muestra en la bola roja "Cerrar ventana") se muestra cuando la secuencia se ha modificado y no se ha guardado. · Los nombres de secuencia se pueden modificar directamente en la ventana de secuencia haciendo doble clic en el nombre o usando un menú contextual disponible por CTRL haciendo clic (o haciendo clic derecho) en el nombre de la secuencia. · Se pueden configurar los parámetros adicionales en la ventana de preferencias (administración de proxy de Internet, advertencia al importar archivos de cloner no en serie). · Menú contextual extendido en la ventana del mapa gráfico · Indicación de formato de secuencia correcta que se muestra en la ventana de secuencia al abrir una secuencia en un GenBank, EMBL, DDBJ, VNTI, PDRAW32 o APE. · La importación de secuencias de NCBI usando la ventana de acceso a la web (y el botón de análisis automático) se ha mejorado · Se restablece la alineación en NCBI utilizando el software de secuencia BLAST 2. · Mejorar la importación de secuencia que casi, pero no completamente, respetan el diseño de las secuencias de NCBI (utilizando las ventanas de acceso web). · Cambie la interfaz de la ventana utilizada para anunciar la disponibilidad de una nueva versión. · Manipulación de ciertas enzimas de restricción de tipo IIS como xxxxx, -a, -b o xxxxx, -a, + b. · Se produce un choque al cambiar CW / CCW sin ninguna selección realizada en el mapa gráfico. · un error en PCR que se produce al amplificar secuencias muy largas (más de 32 k) · MacOSX : un error en el comportamiento de la ventana del cajón de la ventana 'Administrar enzime de restricción'. · un error en la selección de fragmentos de la ventana 'Construir una construcción'. · un error raro en la alineación local que eliminaba una parte de la salida alineada · Ya no se muestra ventanas emergentes que indica que la secuencia se bloqueó cuando se usa el comando 'Guardar como ..'. · Se ha corregido el cálculo del% del nucleótido alineado en la ventana de alineación local. · Un error que evita que el cloner serial importe archivos FASTA que contengan caracteres acentuados en el encabezado. · MacOSX : una falla de la interfaz en los cajones 'Encontrar' de la ventana de secuencia · Windows: un problema con 'Comandos de pegar' en la ventana Buscar. · Un error que se produce cuando se ha vuelto a seleccionar ADN desde el campo de traducción si el ADN fue traducido de la línea menos. · un error que afecta a las enzimas de restricción degeneradas en la ventana 'Construir una construcción'.

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