Completecompositionvectorcli Una aplicación basada en terminales para la genotipificación a través de vectores de composición completos y MapReduce
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vector Mapa reducido ccV

Completecompositionvectorcli Descripción

El enfoque de genotipado clásico se ha basado en el análisis filogenético, comenzando con una alineación de secuencia múltiple. Luego se establecen genotipos por examen de expertos de árboles filogenéticos. Sin embargo, tales métodos son subóptimos para un conjunto de datos en rápido crecimiento, porque requieren un esfuerzo humano significativo, y porque aumentan en la complejidad computacional rápidamente con el número de secuencias. Completecompositionvectorcli emplea un método para el genotipado que es independiente de cualquier alineación de secuencia múltiple.completecompositompositionvectorcli utiliza el algoritmo de vector de composición completo para representar cada secuencia en el conjunto de datos como un vector derivado de sus k-mers constituyentes, y la agrupación de propagación de afinidad para agrupar las secuencias en genotipos Basado en una medida a distancia sobre los vectores. Nuestros métodos producen resultados que se correlacionan bien con los clados o genotipos definidos por expertos, a una fracción del costo computacional de los métodos filogenéticos tradicionales. Las instrucciones detalladas sobre cómo instalar y usar la utilidad CompleTecompositErtectorCli en su Mac están disponibles aquí.

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