Conflicto CONFLEX: un programa capaz de buscar el espacio conformacional de una molécula flexible para encontrar cada estructura óptima
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químico droga descubrimiento descubrimiento de medicamento Ingeniería Química Búsqueda de conformación

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Conflex: un programa capaz de buscar el espacio conformacional de una molécula flexible para encontrar cada estructura óptima. Único para confiar es su capacidad para buscar completamente el espacio conformacional de una molécula flexible para encontrar cada estructura óptima de conformadores químicamente significativos. Conflex, a diferencia de otras aplicaciones de optimización de la geometría, no determina solo las estructuras optimizadas localmente que dependen de una entrada de estructura inicial por parte del usuario. Autilización de varias estrategias únicas, el Confecto puede buscar de manera exhaustiva espacio conformacional para identificar las estructuras más estables: · Downstream / Reservoir- Relleno · Un límite de búsqueda variable · Tres modos de perturbación (solapa de esquina única, flip de borde y rotación paso a paso) · Los resultados de cálculo previos a la comprobación de cheques se pueden emitir en una variedad de formatos que permiten su uso en aplicaciones para cálculos de AB-Initio o aplicaciones de visualización como Barista. Aquí hay algunas características clave de "Conflex": · Búsquedas de conformación exhaustivas · Rápido y altamente preciso · Manejar moléculas grandes · Opción de computación paralelas · Disponible como motor independiente o con interfaz Barista · Planes de licencias asequibles: · RedHat Linux 7.1 y · Procesador de 1,0 GHz y UP · 40 GB de espacio en disco · Memoria 256MBLimitaciones mínimas: · Tienes que enviar un e- Correo para recibir una licencia de período de prueba de 30 días. ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Embalaje de cristal de conformes. · Reemplace los residuos de aminoácidos · Efecto solvente · Conflex ahora puede calcular la energía utilizando el modelo de solvente generalizado Born (GB / SA). · Forzar las opciones de campo · Cuasi-interaction · Los usuarios pueden agregar el efecto de cuasi-interacción al campo FORCE. Los usuarios también pueden incluir restricciones adicionales para especificar la información estructural. · Carga de puntos · Los usuarios pueden definir la carga de puntos en cada átomo. Para los usuarios gaussianos, se puede aplicar la carga parcial calculada por Gaussian y estimar las interacciones electrostáticas. · Opciones de optimización de estructura. · Cambiar entre la optimización rápida y precisa de la estructura. · Convergencia y iteración. · Los usuarios pueden especificar los criterios de convergencia y el recuento de iteración para cada método de optimización. · Opción de búsqueda de conformación. · Conflex reconoce las configuraciones R / S de los átomos quirales y E / Z de Double Bonds. Los usuarios ahora pueden agregar su propia configuración absoluta de átomos. · Opción de bonos peptídicos · Conflex reconoce los enlaces giratorios y agreguelos a la lista de rotación por Stepwise. Los usuarios pueden excluir los enlaces peptídicos (CO-NH), enlaces PHI-PSI (CONH-CABON CONH) o enlaces de cadena lateral desde una lista de rotación a paso. · Análisis de dinámica de modo normal. · Al combinar múltiples modelos vibracionales, el conflojo analiza la dinámica molecular. Esto permite a los usuarios analizar una reacción o trayectoria plegable, etc.

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